海關進口增值稅專用繳款書總局比對後，顯示缺聯，沒有關系。缺聯，說明是海關未將進口值稅專用繳款書信息傳給稅務總局，核實清楚後，就可以。
根據《國家稅務總局海關總署關於實行海關進口增值稅專用繳款書“先比對後抵扣”管理辦法有關問題的公告》（國家稅務總局海關總署公告2013年第31號）第五條規定：稅務機關於每月納稅申報期內，向納稅人提供上月稽核比對結果。
納稅人應向主管稅務機關查詢稽核比對結果信息。對稽核比對結果為相符的海關繳款書，納稅人應在稅務機關提供稽核比對結果的當月納稅申報期內申報抵扣，逾期的其進項稅額不予抵扣。
擴展資料：
增值稅壹般納稅人取得所有需抵扣增值稅進項稅額的海關進口增值稅專用繳款書（以下簡稱海關完稅憑證），應根據相關海關完稅憑證逐票填寫《海關完稅憑證抵扣清單》，在進行增值稅納稅申報時隨同納稅申報表壹並報送。
在2月份申報時納稅人只報送《海關完稅憑證抵扣清單》紙質資料（在2月份申報期內未能報送《清單》的，可在當月申報期後補報），從3月份申報開始納稅人除報送《海關完稅憑證抵扣清單》紙質資料外，還需同時報送載有《海關完稅憑證抵扣清單》電子數據的軟盤（或其它存儲介質）。
未單獨報送的，其進項稅額不得抵扣。如果納稅人未按照規定要求填寫《海關完稅憑證抵扣清單》或者填寫內容不全的，該張憑證不得抵扣進項稅額。
百度百科-海關進口增值稅專用繳款書稽核辦法