衡陽工商業發達，為國家老工業基地，20世紀30年代末至90年代初與武漢、廣州為中南地區三大工商業中心之壹。郴州、零陵（今永州）曾長期隸屬於衡陽，毗鄰廣東、廣西，是粵、桂、滇、黔、贛等省的商品集散地，為沿海向內陸過渡的接軌地帶，交通十分便利，物產豐富，是湖南重要的出口創匯地區。隨著改革開放由沿海、沿邊、沿江向內陸深入，衡陽的戰略地位愈益突出，衡陽的對外科學文化交流不斷增加，對外經濟貿易額迅猛發展，加工貿易進出口總額壹直居湖南省前二位。
衡陽為中南重鎮，兩廣門戶，設立海關機構歷史較長。
1936年武漢海關在衡陽設立衡陽支關。
1953年江漢海關在衡陽設立衡陽車站海關監管組，1954年4月撤消。
改革開放以來，為促進衡陽、湘南地區對外經濟貿易的發展和對外交流，長沙海關於1989年8月設立衡陽海關監管組。
1992年12月28日，為了適應改革開放和對外經濟貿易的需要，經國家海關總署批準，成立長沙海關駐衡陽辦事處，海關機構的設立對衡陽、湘南地區外向型經濟的發展起到了重要促進作用。
1997年12月8日，經國務院批準，海關總署下發長沙海關駐衡陽辦事處升格為“中華人民***和國衡陽海關” 。
1997年12月28日，衡陽海關駐郴州監管組成立。
1999年8月，衡陽海關緝私分局成立。
2001年12月28日，衡陽海關駐衡陽火車站貨場海關監管點成立。
2008年9月26日，衡陽海關駐永州監管組成立。
2010年1月18日，衡陽海關駐瓦園（廖田鎮）貨場海關監管點成立。