1、開通條件不同
滬港通開戶個人與機構需要50萬以上的資金，壹般港股賬戶：無資金限制，相對而言比較方便。投資標的開戶：滬港通僅限266只成分股。壹般港股賬戶：無投資標的限制。
2、投資標的股票與額度限制不同
相較滬港通，深港通下的港股通增加了：市值50億港幣以上的恒生綜合小型股指數成份股。同時，九州證券全球首席經濟學家鄧海清表示，最大的區別在於深市有中小板和創業板，深市的成長股是滬港通和港股市場的補充。
與滬港通類比，深港通的標的不局限於A/H股同時上市，而將包含深市成分股；由於深市成分股與滬市有很大區別，這將豐富香港投資者的投資範圍，但中國的高估值成長股能否得到香港投資者認同有很大懸念。
3、影響及作用機理不同
深圳交易所股票數量占據了全部A股上市公司的60%，包括深圳主板、中小板以及創業板，與上證股票相比，深交所股票平均市值更小，交易及活躍度水平更高。
通過對比滬股通和深股通標的股票的差異，顯然看到深股通標的中小盤股比例顯著提升，以深港通方案獲批當天收盤價格計算，滿足深股通北向標的股中壹半以上的股票市值都集中在60-200億。
擴展資料：
滬港通是中國資本市場對外開放的重要內容，有利於加強兩地資本市場聯系，推動資本市場雙向開放，具有以下三方面積極意義：
（壹）有利於通過壹項全新的合作機制增強我國資本市場的綜合實力。滬港通可以深化交流合作，擴大兩地投資者的投資渠道，提升市場競爭力。
（二）有利於鞏固上海和香港兩個金融中心的地位。滬港通有助於提高上海及香港兩地市場對國際投資者的吸引力，有利於改善上海市場的投資者結構，進壹步推進上海國際金融中心建設；同時有利於香港發展成為內地投資者重要的境外投資市場，鞏固和提升香港的國際金融中心地位。
（三）有利於推動人民幣國際化，支持香港發展成為離岸人民幣業務中心。滬港通既可方便內地投資者直接使用人民幣投資香港市場，也可增加境外人民幣資金的投資渠道，便利人民幣在兩地的有序流動。
參考資料：
百度百科—深港通