例如碳排放就頗受爭議，雖然我們壹直追求的目標是增長與環境之間的協調，但是，往往魚和熊掌是難以兼得的。我國仍處於發展階段，過度限制碳排放無疑會對經濟增長產生壹定的影響，並且根據經濟合作與發展組織（OECD）數據庫的統計，僅有英國、日本、美國（部分地區）等十幾個國家和地區對二氧化碳排放征稅。從某種意義上看，雖然世界各國關註二氧化碳排放的問題，但是具體要征稅的國家並不多，各國仍持謹慎的態度。
此外，此次環境保護稅並沒有將移動汙染源納入征稅的範圍。首先，我國的汙染是否主要由機動車等移動汙染源造成，這壹問題存在爭議。
其次，我國在車輛購置稅及車船稅等稅種的設計上已經考慮不同汽車排量的征稅問題。再者，除了對車輛征稅，我國的消費稅還對成品油征稅，並且成品油已經構成了我國消費稅的主要稅收來源。因此，如果對移動汙染源再次征收環境保護稅會涉及重復計稅的問題。雖然，環境保護稅收體系應該包含有多個稅種，包括生產環節的資源稅、排放環節的環境保護稅，以及消費環節的消費稅等，但在課稅範圍上依然應該考慮稅與稅之間的協調問題。
法律依據：根據《中華人民***和國環境保護稅法》的規定，納稅人應當向應稅汙染物排放地的稅務機關申報繳納環境保護稅。對於運輸填埋固體廢物的，應向固定廢物排放地的稅務機關申報繳納環境保護稅。納稅人從事海洋工程向中華人民***和國管轄海域排放應稅大氣汙染物、水汙染物或者固體廢物，申報繳納環境保護稅的具體辦法，由國務院稅務主管部門會同國務院海洋主管部門規定。