壹、全面了解單位的基本情況是搞好企業所得稅匯算檢查的基礎。
企業所得稅匯算涉及單位生產經營的各個環節，了解單位全貌將有助於全面掌握單位的基本情況。主要了解單位的經營歷史，經營狀況、業務類型、經營現狀、主要業務及主要的銷貨方、供貨方，各類資產的形式、主要存放地，單位職工概況，總體文化程度，企業文化等。
二、詳細閱讀研究年度財務會計報表、財務說明、企業所得稅申報表，並與以前年度比對，是搞好企業所得稅匯算的關鍵。
單位年度財務會計報表、財務說明和單位年度所得稅申報表是對單位全年經營情況的總體反映，是單位經營成果的集中體現。要了解被查單位與稅收相關的財務指標，重點了解壹些重要的財務指標，既包括絕對數指標，也包括相對數指標，發現其中的差異，作為檢查的重點，如：銷售收入利潤率（利潤總額/銷售收入凈額×100%）、生產成本銷售率（銷售收入/生產成本×100%）、固定資產繳納房產稅率（已繳房產稅/固定資產總額×100%）等涉稅指標，將這些指標與單位歷史數據、當期同行業平均水平進行比較，如出現大起大落、或長期始終保持壹個比較穩定的數值，則有深查的必要。
三、對有關的稅收法律、法規、規章和相關財務會計知識的學習是搞好企業所得稅匯算的重點。
“磨刀不誤砍柴工”。對涉及單位有關的稅收政策進行全面系統的學習掌握，對單位應繳稅種、適用的稅目、稅率，如何確定計稅依據等，要做到政策清楚、條款熟悉，全面熟悉掌握涉及單位相關的稅收法律、法規、規章等。針對單位的經營特點組織組成員學習相關的財務會計知識，以提高檢查的有效性和針對性。如行政許可法實施後，取消部分行政審批，由被查單位自行提取費用、稅前彌補等。
四、與單位的稅務管理員、調閱單位的歷史檢查材料和審計報告、與財務人員及其他有關人員作深入交流，是搞好企業所得稅匯算的必經程序。
通過與單位的稅務管理員進行交流，可能發現問題，估計單位可能出現的問題。特別行業的有關稅收***性問題，行業其他單位的稅收理解。
單位的歷史檢查資料較為全面地反映了稅務機關在歷年的稅務檢查中已發現的問題，了解單位歷年查出的問題，從而確定單位目前仍然可能存在的問題。特別是稽查局稽查的結論，還應查閱會計師事務所的審計報告和內部審計的審計報千，對上述資料應進行詳細的閱讀，上面載明了歷年檢查中的詳細情況，而內審報告則從內審的角度說明單位本身存在的壹些基本情況，會計師事務所的審計報告則從更加專業、全面如實反映單位的資產、經營及結果的角度進行反映，從中發現單位可能存在的問題。
重點詳細了解單位財務核算流程，從單位財務核流程中發現可能存在的問題，了解單位的財務會計核辦法，對在當年度有特殊財務處理或意外情況發生應重點向財務人員加以了解情況等。如：單位改制、折舊辦法的改變、各類減值準備的計提以及各類稅款的計稅依據的確定、稅種、稅目、稅率的適用等。
根據單位經營規模的大小、經營業務的復雜狀況、財務處理的復雜程度等來決定簡化相應的企業所得稅匯算檢查前的準備工作。