1.遺失發票處理:使用專用發票抵扣聯連接主管稅務機關進行(正常)認證，使用專用發票抵扣聯作為記賬憑證，留存專用發票抵扣聯復印件備查。開票人和稅務局不需要特殊處理。
2.遺失抵扣的處理:專用發票可用於掛靠主管稅務機關認證，專用發票可作為記賬憑證，並留存專用發票復印件備查。不需要開票單位做任何處理，稅務局以發票復印件作為抵扣證明的依據。
3.遺失發票及抵扣的處理:買方憑賣方提供的相應專用發票記賬聯復印件到主管稅務機關認證。認證壹致的，由賣方當地主管稅務機關出具的專用發票記賬聯復印件和遺失增值稅專用發票納稅申報證明，經買方主管稅務機關審核同意後，可作為增值稅進項稅額抵扣憑證。開票人需要制作發票復印件，由開票人所在稅務局開具遺失增值稅專用發票納稅申報證明；經收票人主管稅務機關審核批準後，方可作為增值稅進項稅的抵扣憑證。
4.丟失記賬的處理:壹般來說，如果發票開出後還沒有寄出，可以由開票公司復印發票的發票作為記賬憑證；如果已經寄出，會從金稅卡上重新打印，作為記賬憑證。不需要稅務局和收票單位做什麽。
5.丟失所有鏈接的處理:壹般結合3、4的處理方式。
第二，發票已經過認證:
1.遺失發票的處理:以專用發票抵扣聯作為記賬憑證，並使用專用發票抵扣聯復印件備查。其他不需要單獨處理。
2.遺失抵扣的處理:使用專用發票和發票復印件留存備查，其他無需另行處理。
3.發票遺失及抵扣處理:開票人需復印發票，開票人稅務局開具遺失增值稅專用發票納稅申報證明；經收票人主管稅務機關審核批準後，方可作為增值稅進項稅的抵扣憑證。
4.丟失記賬的處理:壹般來說，如果發票開出後還沒有寄出，可以由開票公司復印發票的發票作為記賬憑證；如果已經寄出，會從金稅卡上重新打印，作為記賬憑證。不需要稅務局和收票單位做什麽。
5.丟失所有鏈接的處理:壹般結合3、4的處理方式。
出票人和收款人應完善發票管理、保管和交付制度，確保發票在各個領域不丟失；選擇合適的發票交付方式，如特快專遞或其他安全的郵政交付方式，並及時跟進以確保發票在交付過程中的安全性。