稅務檢查的基本程序是:
壹、案件選擇:根據案件來源信息篩選，決定是否立案。
第二，立案
接下來，如果符合要求，就要立案了。立案後是檢查程序，根據檢查結果做出稅務檢查報告。檢驗工作應當自實施之日起60日內完成，確需延長檢驗時間的，應當經檢驗局局長批準。
最後是審判程序。檢查結束後，檢查部門應在5個工作日內將稅務檢查報告、稅務檢查工作底稿及相關證據材料移交審理部門審理，並辦理交接手續。
審理部門收到稽查部門移交的稅務稽查報告及相關資料後，應在15日內提出審理意見，但以下時間不計算在內:
(a)檢查員進行補充調查的時間；
(二)向上級機關請示或向有關部門咨詢政策性問題的時間。
案情復雜，確需延長審理期限的，經稽查局局長批準，可以適當延長。
法律依據:《稅務檢查條例》第二十五條。
移交帳簿、憑證、報表及其他有關資料時，應當向被檢查對象發出《移交帳簿、資料通知書》，並填寫《移交帳簿、資料清單》，經核對無誤後簽字確認。
調取納稅人、扣繳義務人上壹會計年度的賬簿、會計憑證、報表及其他有關資料，應當經其所屬稅務局局長批準，並在3個月內全部退還；納稅人、扣繳義務人當年的帳簿、會計憑證、報表和其他有關資料的調取，應當經其所屬的市、自治州以上稅務局局長批準，並在三十日內交還。