查稅的基本程序是：
壹、選案：根據案源信息篩選，決定是否立案
二、立案
接下來，如果符合條件就要進行立案，立案之後就是檢查程序，根據檢查結果制作《稅務稽查報告》。實施檢查之日起60日內完成，確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準。
最後就是審理程序，檢查完畢，檢查部門應當將《稅務稽查報告》、《稅務稽查工作底稿》及相關證據材料，在5個工作日內移交審理部門審理，並辦理交接手續。
審理部門接到檢查部門移交的《稅務稽查報告》及有關資料後，應當在15日內提出審理意見，但下列時間不計算在內：
（壹）檢查人員補充調查的時間；
（二）向上級機關請示或者向相關部門征詢政策問題的時間。
案情復雜確需延長審理時限的，經稽查局局長的批準，可以適當延長。
法律依據
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第十九條納稅人、扣繳義務人按照有關法律、行政法規和國務院財政、稅務主管部門的規定設置帳簿，根據合法、有效憑證記帳，進行核算。
第二十條從事生產、經營的納稅人的財務、會計制度或者財務、會計處理辦法和會計核算軟件，應當報送稅務機關備案。
納稅人、扣繳義務人的財務、會計制度或者財務、會計處理辦法與國務院或者國務院財政、稅務主管部門有關稅收的規定抵觸的，依照國務院或者國務院財政、稅務主管部門有關稅收的規定計算應納稅款、代扣代繳和代收代繳稅款。
第四十四條欠繳稅款的納稅人或者他的法定代表人需要出境的，應當在出境前向稅務機關結清應納稅款、滯納金或者提供擔保。未結清稅款、滯納金，又不提供擔保的，稅務機關可以通知出境管理機關阻止其出境。