對方與妳們公司是委托代理關系，且只收取服務費開具服務費發票，進口關稅與增值稅及運保費等有單據交給妳們，則關稅進成本，專用繳款書增值稅可抵扣，報關費等入當期費用。
借：原材料或固定資產（料價+消費稅+關稅+運費）
應交稅費-應交增值稅（進項稅額）
銷售費用或管理費用（報關費、保險費）
貸：銀行存款
海關代征進口環節增值稅開具的增值稅發票是雙擡頭的，就是既有代理進口單位名稱，又有委托進口單位名稱，只允許其中壹家進行抵扣。
如果是委托進口單位去操作，必須提供相應的海關代征增值稅專用繳款書原件（完稅憑證），委托代理合同及付款憑證進行申報抵扣。
擴展資料：
為方便企業填報，可根據實際情況采取下列方式填報：
(1)壹般納稅人企業，在實際操作中也可以根據“增值稅納稅申報表”計算該指標，計算公式為：應交增值稅=銷項稅額-(進項稅額-進項稅額轉出-免抵退貨物應退稅額)。同時註意，計算該指標時應包括即征即退貨物及勞務對應項目。
(2)執行簡易征收辦法的壹般納稅人企業，可根據“增值稅納稅申報表”中“簡易征收辦法計算的應納稅額”填報該指標。
(3)符合財稅部門規定的對某些產品實行稅額減征的壹般納稅人企業，在根據“增值稅納稅申報表”填報該指標時還應扣除“應納稅額減征額”。
(4)小規模納稅人企業，可根據“增值稅納稅申報表”中“本期實際應納稅額”填報。
百度百科-應交增值稅