1.稽查局
組織落實稅務稽查法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體實施辦法；組織、協調、督辦稅收違法案件的查處；受理稅收違法案件的舉報，辦理重大稅收違法案件的立案和調查的有關事項並提出審理意見；牽頭組織實施稅收專項檢查和稅收專項整治工作；協調公安、檢察、審判機關處理稅務稽查有關工作；指導、協調稅務稽查工作。
稽查局設8個內設機構（正科級，對外稱處）：辦公室、綜合選案處、檢查壹處、檢查二處、檢查三處、檢查四處、案件審理處、案件執行處。
2.第壹稽查局
承擔歷下區、市中區的稅務稽查工作。
第壹稽查局設8個內設機構（正科級）：辦公室、綜合選案科、檢查壹科、檢查二科、檢查三科、檢查四科、案件審理科、案件執行科。
3.第二稽查局
承擔槐蔭區、天橋區的稅務稽查工作。
第二稽查局設8個內設機構（正科級）：（同第壹稽查局）。
4.第三稽查局
承擔經濟開發區、歷城區及長清區的稅務稽查工作。
第三稽查局設8個內設機構（正科級）。
5.車輛購置稅征收管理分局
組織實施車輛購置稅的征收管理工作；組織落實車輛購置稅征收管理規章制度及規範性文件；承擔車輛購置稅的日常管理、日常檢查、納稅服務等工作；組織實施車輛購置稅的稅源管理、納稅評估等辦法；組織實施車輛稅收壹體化管理工作；對核定各類車輛最低計稅價格提出建議；管理車輛購置稅票證。
車輛購置稅征收管理分局設5個內設機構（正科級）。
1.信息中心
承擔本系統信息化建設的技術服務、技術支持和技術保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行維護工作；組織本系統技術基礎設施建設管理與運維；參與擬訂稅收管理信息化建設規劃和實施方案，參與稅收管理信息化建設項目立項、技術標準、業務需求、資金使用等工作；組織本系統信息安全管理與實施。
2.機關服務中心
承擔機關後勤事務的管理、保障和服務工作，擬訂機關事務具體工作制度並組織實施和監督檢查；參與機關後勤體制改革工作；指導本系統後勤服務工作。
3.稅收科學研究所
擬訂並組織實施本系統稅收科研工作規劃、方案；承擔稅收基礎理論、應用理論和專題研究等工作；收集、整理稅收資料；編輯稅務內部期刊、地方稅誌。
4. 註冊稅務師管理中心
組織落實註冊稅務師行業管理政策及管理制度，承擔行業執業資格、資質審核認定及考試、培訓工作；監督、檢查行業執業情況。
5.山東省濟南市稅務幹部學校
承擔稅務系統教育培訓的實施工作。
稅務幹部學校設5個內設機構（正科級）。