負責黨政工作的組織協調和對會議決議、決定的監督；負責文電、會議、機要、檔案、保密、宣傳、信訪、綜合管理和後勤服務工作；負責局和指導市(湖)水文局的黨群工作。
導演:尚，副導演:熊，袁惠萍
黨委辦公室主任:李林根
團委書記:何強
(2)政策法規司(安全監管司)
承擔水文發展與改革的重大專項研究，制定全省水文相關政策；負責全省水文水資源監測設施的管理和保護，協助水行政主管部門查處侵占、損毀、破壞水文水資源監測設施的違法案件；負責全省水文行業的安全生產管理。
主任:徐剛，副主任:熊能，副研究員:陸
(3)計劃財務部
擬定全省水文發展規劃，編制年度投資計劃；組織編制全省水文系統年度部門預算和決算；承擔省水文局工作，指導設區市(鄱陽湖)水文局財務和資產管理工作。
導演:副導演:鄒王。
(4)科學技術部
負責全省水文技術管理工作，編制全省水文技術發展規劃；歸口管理技術標準和規範的實施、科技項目的申報和技術鑒定的管理；負責水文對外合作交流和科技成果推廣應用。
主任:李明副主任:熊麗麗副調研員:胡奎德
(5)施工管理辦公室
擬定全省水文基礎設施網建設規劃，負責全省水文基礎設施項目、重大技術改造項目、基礎設施項目和工程前期工作的建設管理；進行水文統計。
導演:洪全祥，副導演:陳富春、姜衛平
(6)水文監測站
負責監督實施水文測驗技術、標準和規範；組織和指導全省水文測驗工作；組織水文應急調查；負責水文監測測量儀器的檢定。
主任:劉，副主任:萬建偉、
(7)水情辦公室(防汛抗旱辦公室)
負責組織全省水雨情的分析、預測和預報；承擔全省防汛抗旱信息系統的開發、運行和管理；負責自動雨情水情預報系統的網絡建設和研究；負責全省土壤墑情的監測、分析和預測，收集土壤墑情數據，編制土壤墑情公報。
主任:李會明，副主任:陳家霖、公劉、董芳芳，副研究員:潘漢明。
(8)水資源司
負責組織全省水資源(地表水和地下水)的調查、評價、動態監測、分析和預測；承擔水資源監測、評價和管理服務體系的建設和運行管理。
導演:李梅，副導演:於中華、吳誌
(9)水質部門
負責江河湖泊例行水質監測，承擔全省水功能區、界河、水源地、排汙口水質監測；負責水質數據的審查和匯編；參與重大突發性水汙染和水生態事件的應急監測和處置；承擔水資源監測預警系統的開發、建設和運行管理。
導演:邢久勝，副導演:常、鄧延慶
(10)水文信息辦公室
負責全省水文資料的收集、審核、裁決和打印；負責水文資料的匯編、分析、研究、管理和利用，做好社會服務工作；負責水文數據庫系統的開發、建設、維護和應用。
導演:，副導演:關
(11)通信信息辦公室
負責全省水文通信網的規劃和建設；負責水文信息系統的運行和管理；負責本系統水文信息技術的研究、開發、應用、推廣和培訓；指導全省水文信息應用系統的運行和管理，管理江西省水文網站。
導演:金，副導演:、王樹強
(12)人事部
負責全省水文機構的設置和幹部人事管理；負責全省水文勞動工資、福利和勞動保護工作；負責職工教育培訓，指導全省水文行業職工隊伍建設；負責局機關離退休幹部的日常工作；指導全省水文行業離退休幹部工作。
導演:劉梅，副導演:劉洪波
(十三)紀委(監察室、審計局)
負責局紀檢監察日常工作，並指導水文行業建設；負責全省水文系統內部審計。
紀委副書記(監察室主任、審計室主任):張彬。
監察室副主任兼審計室副主任:陳天安