金融企業債券投資的收益主要來自債券利息收入和債券升值收入。利息收入是指金融企業購買債券後，按照債券發行時確定的利率從債券發行人處取得的收入。增值收益即資本增值收益，是指當市場利率下降時，債券價格上漲，金融企業在市場上賣出以較低價格買入的債券。買入價和賣出價的差額就是債券增值收益。金融企業持有債券的收益為持有期間的股息收益加上出售時的增值收益。
對於利息收入的營業稅，要註意兩個政策。壹、《中華人民共和國國家稅務總局關於印發營業稅稅目註釋的通知(試行稿)》(國稅發[1993]149號)。政策第三款規定，金融保險業務的征稅範圍包括金融保險業務，金融業務是指從事貨幣金融融資活動的業務，包括貸款、融資租賃、金融商品轉讓、金融經紀和其他金融業務。二是《中華人民共和國國家稅務局關於印發〈金融保險業營業稅申報管理辦法〉的通知》(國稅發〔2002〕9號，以下簡稱9號文件)，該政策第三章第五條規定，貸款是指有償(包括以貼現、票據等方式)將資金貸給他人的業務。投資貨幣基金但收取固定利潤或保底利潤的行為，也屬於這裏所說的貸款業務。
根據上述文件，只要金融企業購買的證券屬於9號文件規定的貸款業務，其購買債券的利息收入就應繳納營業稅。其中，根據《國庫券條例》第十二條規定，國庫券利息收入享受免稅待遇，即債務利息收入免征營業稅。
關於債券買賣差價的營業稅，有很多政策需要關註。
《營業稅暫行條例》第五條規定，納稅人的營業額為納稅人提供應稅勞務、轉讓無形資產或者銷售不動產收取的全部價款和其他費用。但是，買賣外匯、證券、期貨等金融商品的，以賣出價減去買入價後的余額為營業額。
《營業稅暫行條例實施細則》第十三條規定，條例第五條所稱價外費用，包括手續費、補貼、基金、代收費用、返還利潤、獎勵費、違約金、滯納金、延期付款利息、賠償金、代收款項、預付款項、罰息以及其他各種性質的價外費用。
《財政部國家稅務總局關於營業稅若幹政策問題的通知》(財稅[2003]16號，以下簡稱16號文件)第三條第八款規定，金融企業從事股票、債券交易的營業額為股票、債券的賣出價格減去買入價格後的余額。按照財務會計制度的規定，股票和債券的購買價格，以持有期間取得的股票和債券的股息收入減去其余額確定。該條第9款規定，金融企業可以在同壹會計年度結束時，就同壹會計年度內不同納稅期間的正差額和負差額計算繳納營業稅。匯總計算後應繳納的營業稅少於本年度已繳納的營業稅的，可以向稅務機關申請退稅，但不得將壹個會計年度匯總後仍為負差的部分結轉到下壹個會計年度。
通過上述規定，我們可以得出以下結論:金融企業股票、債券交易業務應稅營業額的計算公式應為:金融企業股票、債券交易業務應稅營業額=股票、債券賣出價格-(股票、債券買入價格-股票、債券持有期間取得的股票、債券股息收入)。
但是，16號文件第三條第八款股票、債券持有期間取得的股票、債券股息收入的扣除，是指企業購買債券後持有期間取得的債券利息收入，還是指企業購買債券時已到了付息期但尚未收回應單獨確認為應收賬款的債券利息？我的理解應該是後者。因為目前證券交易所債券交易采用凈價交易和全價結算的方式，買入價和賣出價不含利息，與企業核算壹致。
綜上所述，金融機構購買債券產生的利息收入和債券交易產生的買賣差價收入，除債務利息收入可以免征營業稅外，均屬於營業稅的應稅範圍，應按金融保險稅目繳納營業稅。