稅務機關查稅的基本程序是：
1、選案：根據案源信息篩選，決定是否立案；
2、立案；
3、檢查：結果制作《稅務稽查報告》。實施檢查之日起60日內完成，確需延長檢查時間的，應當經稽查局局長批準；
4、審理：檢查完畢，檢查部門應當將《稅務稽查報告》、《稅務稽查工作底稿》及相關證據材料，在5個工作日內移交審理部門審理，並辦理交接手續。審理部門接到檢查部門移交的《稅務稽查報告》及有關資料後，應當在15日內提出審理意見。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第六十條納稅人有下列行為之壹的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，處二千元以上壹萬元以下的罰款：
（壹）未按照規定的期限申報辦理稅務登記、變更或者註銷登記的；
（二）未按照規定設置、保管帳簿或者保管記帳憑證和有關資料的；
（三）未按照規定將財務、會計制度或者財務、會計處理辦法和會計核算軟件報送稅務機關備查的；
（四）未按照規定將其全部銀行帳號向稅務機關報告的；
（五）未按照規定安裝、使用稅控裝置，或者損毀或者擅自改動稅控裝置的。
納稅人不辦理稅務登記的，由稅務機關責令限期改正；逾期不改正的，經稅務機關提請，由工商行政管理機關吊銷其營業執照。
納稅人未按照規定使用稅務登記證件，或者轉借、塗改、損毀、買賣、偽造稅務登記證件的，處二千元以上壹萬元以下的罰款；情節嚴重的，處壹萬元以上五萬元以下的罰款。