根據《企業所得稅法實施條例》第五十三條規定，企業發生的公益性捐贈支出，不超過年度利潤總額12%的部分，準予扣除。這裏的年度利潤總額，是指企業依照國家統壹會計制度的規定計算的年度會計利潤。那麽，如果企業發生年度虧損，捐贈款項是否允許稅前扣除呢？如果允許，扣除限額又是多少呢？
按照稅法的規定，企業發生的捐贈支出，可以在稅前扣除，但要同時具備三個條件，壹是公益性，二是企業有實現的利潤，三是要在壹定的比例內。如果企業發生了經營虧損，其捐贈的支出，是不能扣除的。
但是根據國家稅務總局《關於企業所得稅執行中若幹稅務處理問題的通知》（國稅函〔2009〕202號）第三條關於特定事項捐贈的稅前扣除問題規定，企業發生為四川汶川地震災後重建、舉辦北京奧運會和上海世博會等特定事項的捐贈，按照財政部、海關總署、國家稅務總局《關於支持汶川地震災後恢復重建有關稅收政策問題的通知》（財稅〔2008〕104號），財政部、國家稅務總局、海關總署《關於第29屆奧運會稅收政策問題的通知》（財稅〔2003〕10號），財政部、國家稅務總局《關於2010年上海世博會有關稅收政策問題的通知》（財稅〔2005〕180號）等相關規定，允許在當年企業所得稅前據實全額扣除。
根據上述規定，對於特殊事件捐贈的稅務處理，應不同於通常情況下的捐贈。對企業通過公益性社會團體、縣級以上人民政府及其部門向汶川地震受災地區、2010年上海世博會等的捐贈，不受虧損和比例的限制，允許在2008年底之前壹次性全額扣除。因全額扣除捐贈而導致的虧損，可在以後5年內彌補。但可彌補虧損的計算口徑應該是按所得稅法規納稅調整之後的虧損，而不是企業會計賬面虧損。
目前，各地稅務機關對此也都給予明確，如大連市國家稅務局《關於明確企業所得稅若幹業務問題的通知》（大國稅函〔2009〕37號）第十六條關於向四川抗震救災的捐贈稅前扣除問題規定中提出，根據財政部、國家稅務總局、海關總署《關於支持汶川地震災後恢復重建有關稅收政策問題的通知》（財稅〔2008〕104號）規定，自2008年5月12日起，對企業通過公益性社會團體、縣級以上人民政府及其部門向受災地區的捐贈，憑專用的公益救濟性捐贈票據允許在當年企業所得稅前全額扣除。大國稅函〔2009〕37號文件規定，公益性社會團體包括大連市各區（市）、縣的慈善機構，允許在當年企業所得稅前全額扣除的企業包括虧損企業。此政策僅限於2008年且屬抗震救災捐贈。
需要註意的是，具有捐贈稅前扣除資格的非營利的公益性社會團體、基金會和縣及縣以上人民政府及其組成部門，在接受捐贈或辦理轉贈時，應按照財務隸屬關系分別使用由中央或省級財政部門統壹印（監）制的公益救濟性捐贈票據，並加蓋接受捐贈或轉贈單位的財務專用印章。