1，適用公司不同
國內共有5家授權免稅經營者，分別是:中免公司、深圳市國有免稅商品(集團)有限公司、珠海免稅企業集團有限公司、日本免稅銀行(上海)有限公司和新成立的海南免稅商品經營公司。
但只有中國免簽公司可以在全國各大機場、港口、邊境口岸經營零稅率業務，沒有地域限制，其他公司都是以區域或競標試點方式經營的零稅率運營商。
2.增值稅的優惠範圍與進項稅抵扣的優惠範圍不同。
增值稅零稅率不僅是這個交易環節(或流通環節)的增值部分不需要繳納增值稅，而且是之前每個交易環節(或流通環節)的累計增值額不需要繳納增值稅，具體來說就是允許抵扣進項稅。
但免稅只是這種交易(或流通環節)增值額中不需要繳納增值稅的部分，不允許抵扣進項稅，計入交易成本。如果已經在稅務和會計上扣除，需要轉出。
3、稅收管理要求不同。
零稅率是增值稅稅率的壹種。只要符合稅法規定，都可以申請，主管退稅的稅務機關可以按月申請增值稅退(免)稅。
免稅屬於稅收優惠政策，壹般需要報稅務機關備案。
4.不同的背景
零稅率是根據社會經濟發展大局的平均承受能力制定的，適應了普遍性、壹般性的要求。
但在不同行業、不同地區、不同納稅人和征稅對象中，往往需要從實際出發，對壹些需要支持、鼓勵或照顧的地區、行業、產業或納稅人和征稅對象給予特殊規定，體現了因地制宜、區別對待、合理負擔的原則。
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