1、依據《中華人民***和國稅收征管法》第35條第6款稅務機關有權核定其應納稅款情形之壹是指“納稅人申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。”和第36條“企業或者外國企業在中國境內設立的從事生產、經營的機構、場所與其關聯企業之間的業務往來，應當按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用；不按之間的業務往來收取或者支付價款、費用，而減少其應納稅的收入或者所得額的，稅務機關有權進行合理調整。”上述兩條在對增值稅日常征管中已顯現出法律條款制定時的缺陷，如甲乙兩企業為增值稅納稅人且為關聯企業，甲企業為廢舊物資收購企業，又符合免征增值稅的壹切要件，乙企業為增值稅壹般納稅人，甲企業通過加價形式即高於無關聯的第三方價格銷售給乙企業，乙企業依法取得甲企業開具的廢舊物資收購專用發票的10%計算抵扣進項稅額，《征管法》第35條第6款和第36條中未列明“計稅依據明顯偏高，又無正當理由的”情形，在增值稅征管過程中找不到法律依據來對甲企業實施查處，對乙企業也未作進項稅額轉出的相關規定。2、關於納稅人外出經營活動管理時限的設定容易出問題。根據《征管法》實施細則第21條所稱“從事生產、經營的納稅人外出經營，在同壹地累計超過180天的，應當在營業地辦理稅務登記手續。”國稅發[2003]47號文又對細則第21條作出解釋為“應當是以納稅人在同壹縣（市）實際經營或提供勞務之日起，在連續的12個月內累計超過180天。”上述的規定在稅收實際工作中遭遇尷尬壹是與國際慣例不符二是按照公歷計算壹般半年為181天或182天或184天三是納稅人在累計至179天停業，在第181又開業或復業又只能從頭算起，易造成漏管戶的發生。
二、總局規範性文件與行政法規相沖突。
根據《征管法》第23條“國家根據稅收征收管理的需要，積極推廣使用稅控裝置，納稅人應當按照規定安裝，使用稅控裝置，不得損毀或擅自改動稅控裝置”，這壹條表明了法律賦予稅務機關推廣使用稅控裝置的權利，於是國稅發（2000）183號規範性文件規定“自2000年1月1日起，企業購置增值稅防偽稅控系統專用設備和通用設備發生的費用，準予在當期計算繳納所得稅前壹次性列支；同時可憑購貨所取得的專用發票所註明的稅額從增值稅銷項稅額中抵扣”，而《中華人民***和國增值稅暫行條例》中第10條第1款規定“購進固定資產”不得從銷項稅額中抵扣，顯而易見，總局規範性文件與行政法規發生了沖突。在稅收實際工作中，以“適當減輕企業使用稅控系統的經濟負擔”來解釋，也是對行政法規滯後於征管需要的無奈之舉。
三、“三小票”在增值稅抵扣設計上的問題。
具體表現在：1、“交通運輸發票”、“農副產品統壹收購專用發票”、“廢舊物資統壹收購專用發票”均由手工開具，沒有全國統壹的制式，也沒有有效的防偽措施，很容易被虛開和仿制，而且不易分辨真偽，業務的真實性也較難確定，同時還存在著大量的現金交易。2、在專項檢查中，發現“三小票”已從過去單壹的商貿企業逐步蔓延到生產型企業，從而導致增值稅納稅人由零申報、負申報向低稅負正常申報轉變，如“鐵本”案件，淮安的“2.26”案件，“河南許昌”案件，這些特大案件的發生，不得不引起我們對外部和內部管理以及“三小票”可以抵扣進項稅額的反思。
四、企業的庫存商品如何處置引發爭議。
在稅收征管工作中，對企業的庫存商品如何處置？基層壹線人員普遍感到困惑或棘手，具體表現在：1、增值稅壹般納稅人被取消資格後仍然生產經營的，針對其未實現銷售的庫存商品，有的人認為應按生產型企業6%的征收率、商業企業4%的征收率征收增值稅；有的人認為，未實施銷售的庫存商品，在購進時已被企業依法申請全額抵扣了，應按其適用稅率進行進項稅額轉出補繳增值稅，不存在重復繳稅的情形，但在實際操作中這壹做法又找不到法律依據。2、針對依法申請註銷的庫存商品如何處置，有的人認為稅務機關在批準其註銷之前，應將這部分未實現銷售的庫存商品應作進項稅額轉出補繳增值稅，有的人認為不應作為進項稅額轉出，其庫存商品任由自然人處置，就有可能引起惡意註銷的情形發生。3、改變稅務機關的納稅人，有的人認為在註銷稅務表中註明其庫存商品，納稅人必須向遷入地稅務機關提供此項資料，遷出地稅務機關也可向納稅人擬遷入地稅務機關網上公布其庫存商品，以便遷入地稅務機關對其管理。
五、對新辦商貿企業界定為增值稅壹般納稅人的標準不壹。
將增值稅納稅人劃分為壹般納稅人和小規模納稅人運行十多年來，其有利於征管，有利於組織稅收收入，確實起到了積極作用；但隨著我國加入WTO後，全國範圍內推行使用防偽稅控開票的進程加快，又逢七月壹日《行政許可法》施行，從納稅人的角度來看，將納稅人的分類帶有壹定的歧視性。尤其新辦的商貿企業進行預認定，正式認定各地在實際操作中界定的標準不壹，具體表現在：1、預認定滿壹年後，未達到法定銷售額標準的，且又無國家稅務總局列舉的五種情形之壹的，同時已上防偽稅控系統的，有的地方對其資格予以保留；有的地方則予以取消資格；2、由於需要工商、技術監督局等部門的協同完成，又由於地方各級政府、招商辦招商引資的緣故，往往引進的商貿企業註冊地與實際經營地不壹致，有的在同壹縣範圍內或同壹市（區）範圍內，有的地方予以預認定，有的地方不予以認定；3、有的地方對新辦小型商貿企業必須自稅務登記之日起，壹年內實際銷售額達到180萬元，方可申請壹般納稅人資格認定，未被認定為壹般納稅人之前按小規模納稅人管理，並對其實行輔導期管理制度，輔導期結束後，經主管稅務機關審核同意，可轉為正式壹般納稅人，按照正常的壹般納稅人管理。4、有的地方對設有固定經營場所和擁有貨物實貨的新辦商貿銷售企業以及註冊資金在500萬元以上，人員在50人以上的新辦大中型商貿企業在進行稅務登記時，即提出壹般納稅人資格認定申請的，可認定為壹般納稅人，直接進入輔導期，實行輔導期壹般納稅人管理，輔導期結束後，經主管稅務機關審核同意，可轉為正式壹般納稅人，按照正常的壹般納稅人管理。
同時對經營規模較大，擁有固定經營場所、固定的貨物購銷渠道，完善的管理和核算體系的大中型商貿企業。可不實行輔導期壹般納稅人管理，而直接按照正常的壹般納稅人管理。
上述設置的各種界定標準，已到了需要制定全國統壹標準的時期，或者將制定具體標準下放至省局壹級。
六、考核增值稅準期申報率只能是權宜之計。對基層稅務機關考核增值稅準期申報率只是壹種內部管理措施，在現階段現行征管模式下確實發揮了壹定的積極作用，但從稅法的角度來看，既然法律賦予納稅人必須按期如實申報的義務，納稅人若超越法律而超期申報，就應由稅務機關給予相應的行政處罰，以起到懲戒作用，同時稅務機關應做好催報催繳工作。在依法治國、依法治稅的今天，設置準期申報率這壹考核指標，是對基層執法信心不足的表現，不是還責於納稅人的做法。
七、現行征管模式存在弊端。現行征管模式以計算機為依托是正確的，跨區域實行集中征收在實施初期使人感到成功，隨著改革的不斷深入，出現以下幾點弊端：壹是七月壹日《行政許可法》的實施，從方便納稅人的角度，需要改革納稅人從壹個行政區別另壹個行政區申報納稅，且易出現了排長隊的現象，也增加了納稅人相應的成本；二是征收與管理條塊分割，信息資源不能完全***享；三是條塊分割，存在著對轄區內納稅人管理弱化，責任不清的局面，管理分局的片管員疲於應付6.0版的工作流，對轄區內納稅人生產經營狀況、貨幣資金運用情況、稅負、發票使用等情況遠遠不如過去“專管員”那樣熟悉，容易產生監管不力，被追究行政執法過錯的責任。