小規模納稅人存貨按照價稅總額核算，不允許抵扣進項稅額。因此，小規模納稅人存貨損失進入當期損益的金額為價稅合計金額，不需要進行增值稅特殊處理。
如果壹般納稅人存貨對應的進項稅已經申報抵扣，後續發生存貨損失，除會計制度外，還需要分析存貨損失的原因，做增值稅處理。
《增值稅暫行條例實施細則》第二十四條規定，條例第十條第(二)項所稱非正常損失，是指因管理不善造成的被盜、丟失、黴變等損失。
因此，所有因經營不善造成的存貨損失，都需要按照《增值稅暫行條例實施細則》第二十七條的規定，從進項稅額中轉出。自然災害造成的存貨損失不需要轉出進項稅。
對於發生盤虧的存貨，延伸信息企業根據“存貨報告”編制如下會計分錄:
借:待處理財產的損失和溢余-待處理流動資產的損失和溢余。
貸款:原材料/包裝材料/低值易耗品/庫存商品等。
外購商品、在產品、產成品非正常損失造成的存貨損失應繳納的增值稅，應轉入“待處理財產損失溢余”科目。
借:待處理財產的損失和溢余-待處理流動資產的損失和溢余。
貸:應交稅費-應交增值稅(轉出進項稅)
對於有存貨損失的存貨，應根據存貨損失的原因進行結轉，屬於定額內部損失和存貨日常收發計量中的差錯，經批準後轉入管理費用。
借:管理費
貸款:待處理財產的損失和溢余-待處理流動資產的損失和溢余。
對於應由過失人賠償的損失，應作如下分錄:
借:其他應收款。
貸款:待處理財產的損失和溢余-待處理流動資產的損失和溢余。
對於自然災害等不可抗拒的原因造成的存貨損失，應作如下分錄:
借:營業外支出-非正常損失
貸款:待處理財產的損失和溢余-待處理流動資產的損失和溢余。
對於無法收回的其他損失，經批準後記入“管理費用賬戶”。
借:管理費
貸款:待處理財產的損失和溢余-待處理流動資產的損失和溢余。
百度百科-增值稅暫行條例實施細則