為有效解決新所得稅法實施後企業所得稅制度下的跨省市稅源轉移問題，國家稅務總局近日發布了《跨地區合並納稅人所得稅征收管理暫行辦法》(國稅發〔2008〕28號)(以下簡稱《辦法》)，對跨地區合並納稅人的總機構和分支機構的所得稅繳納作出了明確規定。
壹、關於總機構和分支機構就地分期預繳企業所得稅的規定
《辦法》規定，居民企業在中國境內跨地區(指省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同)設立不具有法人資格的營業機構、場所(以下簡稱分支機構)的，該居民企業為合並納稅企業(以下簡稱企業)。總機構和以生產經營為主要職能的二級分支機構應當就地分期預繳企業所得稅。但並不是所有跨地區設立營業機構和不具有法人資格場所的居民企業，都需要分期預繳企業所得稅，才能匯總納稅企業。鐵路運輸企業、國有郵政企業、中國工商銀行股份有限公司、中國農業銀行、中國銀行股份有限公司、國家開發銀行、中國農業發展銀行、中國進出口銀行、中央匯金投資有限公司、中國建設銀行股份有限公司、中國殷鑒投資有限公司、中國石油天然氣股份有限公司、中國石油化工股份有限公司和海洋油氣企業(含港澳臺、 外商投資和國外海洋油氣企業)等所得稅未納入中央和地方分享範圍的企業不適用本核算辦法。
跨地區業務匯總納稅企業？統壹計算，分級管理，就地預交，匯總清算，財政劃撥？企業所得稅征收管理辦法。包括:企業總機構統壹計算全部應納稅所得額和應納稅額，包括企業所屬的所有不具有法人資格的營業機構和場所；總機構和分支機構所在地主管稅務機關負有管理當地機構企業所得稅的責任，總機構和分支機構受機構所在地主管稅務機關管理:總機構和分支機構應當按照本辦法的規定，按月或者按季向當地主管稅務機關申報預繳企業所得稅；年度終了後，由總公司負責企業所得稅年度匯算清繳，統壹計算企業年度應納所得稅，扣除總公司和分支機構當年預繳的企業所得稅後，多退少繳稅；財政部將根據核定的系數，定期將跨地區總機構和分支機構上繳中央國庫的企業所得稅待分配收入調整到地方國庫。
二。就地分期繳納稅款的分支機構必須滿足的相關條件。
《辦法》規定，分支機構必須具備主要生產經營功能。二級分支機構及其下屬機構由二級分支機構集中就地預繳企業所得稅:三級及以下分支機構不就地預繳企業所得稅，其營業收入、員工工資、資產總額統壹納入二級分支機構。總公司設立具有獨立生產經營職能的部門，並將具有獨立生產經營職能的部門的營業收入、崗位工資、資產總額與管理職能分開核算的，可以將具有獨立生產經營職能的部門視為壹個分支機構，就地預繳企業所得稅。具有獨立生產經營職能和管理職能的部門的營業收入、職工工資和資產總額不能單獨核算的，不將具有獨立生產經營職能的部門視為壹個分支機構，不就地預繳企業所得稅。不具備主要生產經營功能且不在當地繳納增值稅和營業稅的企業的二級及以下分支機構，如產品售後服務、內部研發、倉儲等。，不在當地預繳企業所得稅。此外，還有壹些特殊的規定。最近壹年被認定為小型微利企業，其分支機構未預繳企業所得稅；新設立的分支機構不在設立當年預繳企業所得稅；被撤銷的分支機構，當年剩余期間應繳納的企業所得稅由總機構繳入中央國庫；企業在中國境外設立的不具有法人資格的營業機構不就地預繳企業所得稅；總機構和分支機構2007年及以前年度未按獨立納稅人繳納的所得稅彌補的虧損，允許在法定剩余年限內繼續彌補。
三。預繳稅款方法的確定
企業應根據當期實際利潤，由總機構和分支機構按月或按季預繳。在規定期限內預繳實際利潤有困難的，經總機構所在地主管稅務機關批準，總機構和分支機構可以按照上壹年度應納稅所得額的1/12或者1/4就地預繳企業所得稅。預付方式壹經確定，當年不得變更。總機構和分支機構分期預繳的企業所得稅，50%由分支機構分攤，50%由總機構預繳。總公司預付部分25%放入地方倉庫，25%提前放入中央金庫。總機構應在年度終了後5個月內，根據法律、法規和其他有關規定，對納稅企業的所得稅進行年度匯算清繳。所有分支機構不結算企業所得稅。當年應補繳的所得稅，由總機構繳入中央國庫。總機構所在地主管稅務機關出具該年度多繳的所得稅證明？稅收返還？和其他憑證，按規定程序退出中央金庫。
四。確定分支機構應分攤的預繳稅額
分支機構分攤和預付的稅款由三個因素決定。總機構根據各分支機構上壹年度營業收入、職工工資和總資產計算各分支機構應分享的所得稅比例，權重為0.35、0.35、0.30。計算公式如下:某分行分配比例=0.35？(本分支機構營業收入之和/所有分支機構營業收入)+0.35x(本分支機構工資總額之和/所有分支機構工資總額)+0.30？(本分行總資產/所有分行總資產之和)。上述公式中的分支機構僅指需要當場預付的分支機構。壹旦按照上述方法確定稅收分成比例，當年不再調整。
五、總機構和分支機構接受稅務機關的監督和管理。
《辦法》規定，總機構和分支機構應當依法辦理稅務登記，並接受當地稅務機關的監督管理。總機構應於每年6月20日前，填寫《企業所得稅匯總納稅分支機構分配表》，報送總機構所在地主管稅務機關，並下發至各分支機構。並將其所有二級分支機構(包括未參與本地預繳的分支機構)的信息以及二級分支機構主管稅務機關的郵政編碼和地址報主管稅務機關備案。分支機構應將總機構、上級機構和下級分支機構的信息報主管稅務機關備案。
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