2003年，《財政部、國家稅務總局關於調整出口貨物退稅率的通知》正式出臺，規定自2004年1月1日起，調低或取消國家限制性出口產品和部分資源性產品的出口退稅率。
2005年，國務院頒布了《關於發布實施〈促進產業結構調整暫行規定〉的決定》。同時，國家發展和改革委員會配套發布了《產業結構調整指導目錄》，目的是切實推進產業結構調整和優化升級。
2006年，財政部、國家發改委、商務部、海關總署、中國稅務總局聯合發布了《關於調整部分商品出口退稅率和增補加工貿易禁止類商品目錄的通知》，調整了部分商品出口退稅率，比如，錫、鋅、煤炭部分資源類產品取消出口退稅。這次調整在繼續扶植高新技術產業出口的同時，將重點轉向限制“兩高壹資”產品出口，充分體現了中國“進壹步優化產業結構”的政策取向和調控目標。之後，國家發改委相繼下發了銅冶煉、鋁、煤炭、水泥、紡織、電石、焦化、鐵合金、鋼鐵、電力、鉛鋅等11個行業結構調整指導意見，並出臺了壹系列配套措施。
另外，在環境保護方面，對“兩高壹資”行業發展的限制也越來越嚴格。2008年12月4日，環境保護部發布了《關於當前經濟形勢下做好環境影響評價審批工作的通知》，要求“利用當前的有利時機，推動‘兩高壹資’行業汙染減排和結構優化調整，鼓勵壹批帶動行業技術進步、促進結構和布局調整的重點項目快速建設。”
《通知》規定“各省、自治區、直轄市在制定和調整分級審批時，應充分考慮建設項目的性質和環境影響程度，對有色金屬冶煉及礦山開發、鋼鐵加工、電石、鐵合金、焦炭、垃圾焚燒及發電、制漿、化工、造紙、電鍍、印染、釀造、味精、檸檬酸、酶制劑、酵母等汙染較重的建設項目，其環境影響評價文件應由省級或地市級環境保護行政主管部門負責審批，不得簡化手續，下放審批權限。”