從本地稅務機關的官網上面下載軟件《自然人稅收管理系統扣繳客戶端》；
在電腦上進行安裝。
進行扣繳單位基本信息錄入。按照提示錄入企業代碼、已實名認證人員（申報操作人員）信息、設置登錄密碼，然後登錄軟件。
進行“人員信息采集”，完成對本單位員工個人基本信息的錄入。
可以逐個錄入信息，也可以下載導入模板，在模板中填寫然後批量導入軟件中。
在進行收入和扣繳稅款數據錄入。壹般日常操作通過《扣繳所得稅報告表》進行，可以逐個員工錄入，也可以批量導入。
申報數據錄入、保存以後，就可以點擊“申報表報送”，選擇需要報送的申報表，點擊“發送申報”，然後點擊“下壹步，稅款繳納”，按提示完成操作就可以了。
二、個人所得稅的繳納方式
按照個人所得稅法第九條、個人所得稅法實施條例第三十六條的規定，納稅人從中國境內兩處或者兩處以上取得工資、薪金所得的，應於取得所得的次月十五日內，選擇並固定在其中壹處任職受雇單位所在地的主管地稅機關辦理自行納稅申報。
申報時填制《個人所得稅兩處或兩處以上工資、薪金所得納稅申報表》。將各處取得工資、薪金所得合並後，按稅法規定的稅率計算出應納稅額，送去單位發放時代扣代繳的個稅額後，為自行申報補繳個稅款。
納稅人的工資、薪金所得，先行以每月收入額減除費用五千元以及專項扣除和依法確定的其他扣除後的余額為應納稅所得額，依照個人所得稅稅率表（綜合所得適用）按月換算後計算繳納稅款，並不再扣除附加減除費用。
法律依據
《中華人民***和國個人所得稅法》
第九條 個人所得稅以所得人為納稅人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。
納稅人有中國公民身份號碼的，以中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關賦予其納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時，納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。