菱湖鎮古名“秀溪”，又名“淩波塘，原是被用來種菱的大湖。每年秋季“叢叢菱葉隨波起，朵朵菱花背日開”，盛產菱，因名“菱湖”。江南水鄉菱湖鎮，早在唐朝的寶歷元年（公元825年），湖州刺史崔元亮修建淩波壙，建造秀溪橋，就形成了集市。菱湖“尤多水產，商賈四集，號為水市”。逐步形成集鎮。因“其地宜菱，以旁菱湖而名。”於是，淩波，秀溪，龍湖則成了鎮的別名。
菱湖以菱而名，以絲而豐，以漁而盛。早在4700多年前，菱湖先民就織出絲帶和綢絹織物。
戰國時，菱湖就已人工畜魚，漢末開始掘地成蕩，人工養魚，唐朝時菱湖就有繁華的“水市”，明清時遂成江南人工養魚中心。6萬畝桑地和11萬畝魚蕩，相連相依，蔚為壯觀，是聯合國教科文衛組織和國際地球物理基金會贊賞的我國唯壹保留完整的傳統生態農業—桑基魚蕩。
秦漢時，就稱桑樹“有地即栽，無壹曠土”。菱湖建制，始建於唐，盛於明，稱湖州府東南雄鎮。唐朝時，菱湖絲織品已列為貢品。宋朝時，“繭泊山立，繅車之聲，連甍相聞”。明清時期，菱湖蠶絲產量、質量，均湖州府第壹，為“甲天下”的湖絲之冠，是明清時期江南絲市三大市場之壹。菱湖蠶絲產量占湖州市的24%、浙江省的10%。菱湖是全國三大淡水魚商品生產基地之壹，年產淡水魚4.3萬噸，占湖州市的60%。
北宋時，罷鎮將，設巡檢寨，屬歸安縣。南宋時興市厘，建橋修路，設務關掌茶酒稅務，設四柵，初具市鎮規模，明朝洪武15年（公元1382年）設菱湖鎮，置稅庫局務官，設預備倉；成華年間設湖秀巡檢署，後設思溪河泊所。至明朝嘉隆萬年間（1522--1620年）經濟繁榮，蠶絲發達，池蕩人工養魚遍布，成為“東南巨都”，“歸安雄鎮”清朝乾隆年間以後，歸安縣主薄署移駐菱湖，設厘稅局，而基本上進入相當繁榮時期，“第宅雲連，蔚為冠蓋”。清朝光緒2年（1876年）人口達6656人，成為湖州府第壹大鎮。
菱湖是江南水鄉典型的“魚米之鄉”、“絲綢之府”。江南水鄉，主要指長江以南、太湖流域、蘇南、浙北壹帶地區。江南水鄉自古即有“蘇（州）湖（州）熟，天下足”之美稱。南宋以來，江南地區經濟發達，文化興盛，形成眾多充滿人文氣息的古鎮。菱湖鎮“九墩十三浜”，依河而存，因水成街，因水成市，粉墻黛瓦，小河、小橋、酒肆茶樓，構成了濃郁的江南水鎮的美妙畫卷。
1912年民國廢歸安，烏程兩縣，合並為吳興縣，菱湖為縣屬鎮。 1949年4月28日，菱湖和平解放。1950年至1954年為吳興縣委縣政府所在地。建國後，是吳興縣直屬鎮。
1986年11月，溪西鄉並入菱湖鎮，轄18個居委會、16個行政村。
1987年9月，湖州至菱湖公路通車。
1991年，舉辦首屆龍湖文化藝術節。
1993年5月，撤小區建大區，成為菱湖區首位鎮。
1995年，被評為浙江省社會治安綜合治理先進鎮。被列為湖州市中心城市的六大輔城之壹。
1996年，被列為浙江省首批小康鎮。
1997年9月，菱湖自來水廠投資千萬元搬遷取水口工程。
1998年，被列為省第二批小城鎮綜合改革試點鎮。
1998年，興建湖州至菱湖快速幹道和建設跨徑為576米的菱湖公路特大橋；
1998年，省二級重點中學——菱湖中學實施易地新建，總投資3000余萬元。
2003年，國務院批準設立南潯區，菱湖區撤銷，菱湖鎮整體劃歸南潯區，現為省級中心鎮。
菱湖則成為著名的省級教育強鎮，菱湖中學乃湖州屬鎮中唯壹的省壹級重點中學（前身為青樹中學由實業家章榮初先生創辦）。