1、零稅率是在計算繳納增值稅時，銷項稅額按照0%的稅率計算，進項稅額允許抵扣。免稅是增值稅中的免稅只是免去某壹生產、流通環節的稅款，其他各環節稅款則不能免除，且進項稅額不允許抵扣。2、核算：零稅率：實行零稅率的其進項稅額允許抵扣，涉及進項稅額的退還。免稅：進項稅額不允許抵扣，會計核算中進項稅額直接計入貨物的成本。3、管理：零稅率：零稅率是增值稅的壹檔稅率，只要符合文件規定，就可以適用零稅率，無須稅務機關審批或備案。免稅：免征增值稅屬於稅收優惠，要按照稅收優惠管理的相關要求，或先經稅務機關審批，或報送稅務機關備案。法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》第六十壹條扣繳義務人未按照規定設置、保管代扣代繳、代收代繳稅款帳簿或者保管代扣代繳、代收代繳稅款記帳憑證及有關資料的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款;情節嚴重的，處二千元以上五千元以下的罰款。零稅率:中華人民***和國境內(以下簡稱境內)的單位和個人提供的國際運輸服務、向境外單位提供的研發服務和設計服務。境內的單位和個人提供的往返香港、澳門、臺灣的交通運輸服務以及在香港、澳門、臺灣提供的交通運輸服務(以下簡稱港澳臺運輸服務)。自2013年8月1日起，境內的單位或個人提供程租服務，如果租賃的交通工具用於國際運輸服務和港澳臺運輸服務，由出租方按規定申請適用增值稅零稅率;境內的單位或個人向境外單位或個人提供期租、濕租服務，由出租方按規定申請適用增值稅零稅率。
自2013年8月1日起，境內的單位或個人向境內單位或個人提供期租、濕租服務，如果承租方利用租賃的交通工具向其他單位或個人提供國際運輸服務和港澳臺運輸服務，由承租方按規定申請適用增值稅零稅率。免稅:除上述國際運輸和港澳臺運輸服務兩種不具備條件的應稅服務適用免稅政策以外，境內的單位和個人提供以下應稅服務免征增值稅：工程、礦產資源在境外的工程勘察勘探服務;會議展覽地點在境外的會議展覽服務;存儲地點在境外的倉儲服務;
標的物在境外使用的有形動產租賃服務;為出口貨物提供的郵政業服務和收派服務;在境外提供的廣播影視節目(作品)的發行、播映服務;
向境外單位提供的研發和技術服務中的技術轉讓服務、技術咨詢服務、合同能源管理服務、軟件服務、電路設計及測試服務、信息系統服務、業務流程管理服務、商標著作權轉讓服務、知識產權服務、物流輔助服務(倉儲服務、收派服務除外)、認證服務、鑒證服務、咨詢服務、廣播影視節目(作品)制作服務、期租服務、程租服務、濕租服務。但不包括合同標的物在境內的合同能源管理服務，對境內貨物或不動產的認證服務、鑒證服務和咨詢服務以及廣告投放地在境外的廣告服務。
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