法律分析：壹是企業自身不夠重視。認為退稅金額不大，申報程序繁瑣，增加工作量，增值稅進項稅稅額留抵也沒有過期失效限制，從成本管理與效益方面考慮，導致有些企業未及時申請。
二是優惠政策力度不大。增值稅進項加計抵減優惠政策享受企業範圍不大，優惠比例不高。因該項政策的享受必須具有壹般納稅人資格的四類服務性行業，除去郵政服務、電信服務類企業，地方只有壹般納稅人資格的現代服務、生活服務性企業可以享受該項政策，從目前稅務部門取得的數據可以看出，真正享受該項政策的企業及稅額比率不高。
三是政策執行存在延時性。主要是稅務部門的操作系統及其他各部門的系統軟件不能及時更新配套上政策的變化，導致政策執行有壹定延時性，造成增值稅進項稅稅額留抵退稅未及時退出。
四是減稅的同時成本增加。針對優惠政策實施，大量的宣傳、培訓、考核工作，給地方稅務主管機關和企業增加了壹定的負擔，特別是壹些小稅種的優惠，優惠程度小，占比例小，相比之下增加了機關和企業管理成本。
法律依據：《中華人民***和國稅收征收管理法》
第壹條 為了加強稅收征收管理，規範稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。
第二條 凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。
第三條 稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行;法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。
任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。
第四條 法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。
法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。