執業藥師證書有以下用處：
壹、參與職稱評定並與職稱掛鉤。
根據國藥監《關於征求執業藥師職業資格制度規定和資格考試實施辦法征求意見稿通知》第31條說明：通過全國統壹考試取得《執業藥師資格證書》的人員，符合職稱評審相應條件（報考資歷和論文要求等）的，視為具備主管藥師或主管中藥師專業技術職稱資格，所在單位根據工作需要可聘任為主管藥師或主管中藥師專業技術職務。
二、申請個人所得稅專項附加扣除。
根據稅務局《個人所得稅專項附加扣除暫行辦法（征求意見稿）》的說明：技能人員職業資格繼續教育、專業技術人員職業資格繼續教育支出，按照取得相關證書的年度，按照每年3600元定額扣除。
執業藥師證書便屬於其中的專業技術人員職業資格，因此可享受每年3600元的定額扣除。
三、提高工作待遇和晉升空間。
在工作中，取得執業藥師證書的人員工資普遍高於普通員工，在職位晉升方面也會被優先考慮。
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