鄉鎮行政區劃調整，把原呂四、天汾、兆明鎮及誌良鎮的4個村合並。新呂四港鎮行政區域面積152.8平方公裏，是啟東市第壹大鎮。呂四海洋經濟開發區2003年2月26日，《南通市政府關於設立江蘇省呂四海洋經濟開發區的通知》（通政發[2003]26號）：根據蘇政復[2003]17號文件精神，省政府同意設立江蘇省呂四海洋經濟開發區，開發區啟動區面積3.01平方千米（含呂四港港口開發區北片2平方千米），分為三片：A片：東至大洋港河，南至通呂運河，西至臨汾路，北至振興路；B片：東至呂港路，南至府前大街，西至水產路，北至串場河路；C片：東至呂四外環路，南至串場河路，西至鶴城北路，北至振興路。呂四港港口開發區南片8平方千米予以保留，並更名為江蘇省啟東經濟開發區。
原呂四港鎮位於市境西北部，距城區27千米。1949年建呂四鎮，1958年改公社，1987年復建鎮。1996年，大洋港鎮並入後更名呂四港鎮，面積24.5平方千米，人口4.4萬人，轄東皇山、念總、呂南、太陽廟、節制閘、念壹總、金剛廟、三總、牛橋、呂四菜園、高林、袁家竈、香堂、陳濤、北海、呂豐、呂興、大洋、呂北、呂靖、呂濱21個行政村和復興街、烈士街、範龍街、板橋街、呂東街5個居委會。
原茅家港鎮位於市境北部，北臨黃海，南瀕新港河，距城區27千米。1962年析置呂東公社，1983年改呂東鄉，1992年設茅家港鎮。1996年，面積25.1平方千米，人口3萬人，轄海宴、海豐、海濱、海角、海漁、海洋、海興、海防、斜河、壅灘、夾圩、三甲、七甲、十甲、十二總、岸圩、五甲17個行政村和三甲鎮居委會。
原天汾鎮位於市境西北部，北臨黃海，西與海門市毗鄰，距城區29千米。1962年析置天汾公社，1983年改鄉，1994年建鎮。1996年，面積37.9平方千米，人口3.6萬人，轄幸福橋、如意、串河、祁家、閘河、圩蕩、大苴、聚煎、六斧頭、新沙、天汾、念四總、念五總、周街、九總海、壩頭、範龍、念八總18個行政村。
原秦潭港鎮位於市境北部，北臨黃海，南瀕蒿枝港河，距城區25千米。1965年析置新漁公社，1981年更名秦潭公社，1983年改鄉，1994年建鎮。1996年，面積17.2平方千米，人口2.4萬人，轄秦潭、龍王、久長、楊家竈、邊防、新漁、牧圩、甲區、石堤、墾北、祝明、二補、大二補、石北、丁區15個行政村。
原通興鄉位於市境西北部，西與海門市毗鄰，距城區24.5千米。原屬海門市，1954年劃歸啟東市，1956年建通興鄉，1958年改公社，1983年改鄉。1996年，面積39.8平方千米，人口3.4萬人，轄北新橋、壅塗、西二補、元鵬、陳友、平北、巴掌、錫康、介秀、巴西、境東、洋章、南星橋、場洪、頭補、平東、四村、通興、巴南、壅北20個行政村。