1931年春，在校地下黨支部的組織領導下，展開壹場驅逐校長桑丹鳳的鬥爭。這次學潮鬥爭使馬雲飛的思想發生了深刻的變化。1932年春，他參加了抗日救國會組織，以極大的熱情投入到反帝愛國鬥爭中去。他和同學們到車站、碼頭檢查日貨，深入到附近農村，宣傳不買日貨、不用日貨等。學校地下黨支部書記吳建華根據馬雲飛在學潮鬥爭中的表現，於同年7月介紹他加入中國***產黨。同年10月，第九師範學校爆發了第二次學潮。校長勾結駐軍騎兵二師對進步師生實行武力鎮壓，大批黨員遭到逮捕，馬雲飛，吳建華，南汝崗，等均被校方開除。1933年春，建立了中***津南中心縣委，吳建華任宣傳部長，接著交河縣成立了特區委，馬雲飛任區委書記。夏季，交河特區委改為交河縣委，馬雲飛任縣委書記。這時他的公開身份是交河城東三裏莊小學教員，以此為掩護開展工作。馬雲飛領導農民抗租、抗暴鬥爭及發動打倒縣教育局長米良立的鬥爭。由於計劃周密，準備工作有條不紊， 取得了勝利。
國民黨當局決心撲滅這剛剛燃起的鬥爭烈火。他們出動大批特務、警察秘密偵緝***產黨員的活動。1934年臨近春節，津南特委幾個縣的黨組織接連遭到破壞。按上級指示，馬雲飛立即轉移，他會同交河東關的王連生同誌，連夜離開交河縣，直奔天津。然後坐船渡海到了營口，又從營口乘火車去哈爾濱。5月下旬，馬雲飛又返回營口。8月，馬雲飛在大石橋應試考入偽滿錦州鐵路管理局，被分到錦州鐵路列車段葉柏壽駐在所工作，成為鐵路工人。1936年初調回錦州列車段工作，從此定居於錦州。
他在錦州列車段做過押運員、列車長、會計員，後調到鐵路局財務處任科員。他的精明才幹不斷得到上司的贊譽，也為隱蔽地進行革命工作創造了條件。