土地拍賣收入的絕大部分屬於地方政府。如果出讓的土地是國有土地，拍賣所得歸政府所有。而如果是集體土地流轉，則歸集體組織所有。政府賣地收入不屬於地方政府，收入全部繳入地方國庫。按照現行土地出讓金征管政策，土地出讓收支全部納入基金預算管理，土地出讓收入由財政部門征收管理，具體可由市縣國土資源管理部門征收。此次改革後，土地出讓收入將調整為“財政部門管理、稅務部門負責征收”的模式。通知還明確，政府非稅收入的範圍、對象、標準、減免、分享、使用和管理等四項政策繼續按照現行規定執行。國有土地使用權出讓收入收繳流程顯示，土地出讓過程中，土地拍賣保證金仍由當地規劃和自然資源委員會代收代繳；新規後，政府土地出讓收入和土地開發建設補償費將由稅務部門征收。因此，對於房地產企業來說，只是土地出讓金和土地開發建設補償費的支付對象由地方政府變更為稅務部門，對金額沒有影響。
法律依據:
中華人民共和國土地管理法第九條城市土地屬於國家所有。農村和城市郊區的土地，除法律規定屬於國家所有的以外，屬於農民集體所有；宅基地、自留地、自留山歸農民集體所有。
中華人民共和國國有土地使用權出讓收支管理辦法
第三條各級財政部門、國土資源管理部門和地方國庫應當按照職責分工，分別管理土地出讓收支。財政部和國土資源部負責制定全國土地出讓收支管理政策。省、自治區、直轄市和計劃單列市財政部門會同同級國土資源管理部門，負責制定本行政區域內土地出讓收支管理的具體政策，指導市、縣財政部門和國土資源管理部門做好土地出讓收支管理工作。市縣財政部門具體負責土地出讓收支管理和征收管理，市縣國土資源管理部門具體負責土地出讓收入征收。地方國庫負責土地出讓收入的收取、劃分和留存，並及時向財政部門和國土資源管理部門提供相關報表和資料。
第四條土地出讓收支全額納入地方政府性基金預算管理。收入全部繳入地方國庫，支出通過地方政府性基金預算從土地出讓收入中安排，實行徹底的“收支兩條線”管理。在地方國庫設立專門賬戶(即登記簿)，用於核算土地出讓收入和支出。