法律分析：1、適用公司不同
境內獲準的免稅運營商主要有5家，分別為：中免公司、深圳市國有免稅商品(集團)有限公司、珠海免稅企業集團有限公司、日上免稅行(上海)有限公司和新設立的海南省免稅品經營公司。
而零稅率只有中免公司可以在全國範圍內的主要機場、港口和邊境口岸經營零稅率業務，不存在地域限制，而其他公司則作為區域性或招標試點經營的零稅率運營商。
2、增值稅優惠幅度和進項稅額抵扣待遇不同
增值稅零稅率不僅是本交易環節(或流通環節)的增值額部分不用繳納增值稅，而且，以前各交易環節(或流通環節)的累積增值額也不用繳納增值稅，具體通過允許抵扣進項稅額來實現。
但免稅僅僅是本交易環節(或流通環節)的增值額部分不用繳納增值稅，進項稅額不允許抵扣，計入交易成本，如果稅務和會計上已經抵扣了，需做轉出進項稅額處理。
3、稅收管理要求不同
零稅率是增值稅稅率的壹種，只要符合稅法規定，就可以適用增值稅零稅率，並按月向主管退稅的稅務機關申報辦理增值稅退(免)稅手續。
而免稅是壹項稅收優惠政策，壹般需報稅務機關備案。
4、背景不同
零稅率根據社會經濟發展的壹般情況群體的平均承受能力來制定的，適應了普遍性、壹般性的要求。
但免稅在不同產業、不同地區和不同的納稅人、征稅對象，往往需要從實際出發，對壹些需要扶持、鼓勵或照顧的地區、行業、產業或納稅人、征稅對象給予特殊的規定，體現的是稅收因地制宜、區別對待、合理負擔的原則。
法律依據：《中華人民***和國增值稅暫行條例》 第二條 增值稅稅率：
（壹）納稅人銷售貨物、勞務、有形動產租賃服務或者進口貨物，除本條第二項、第四項、第五項另有規定外，稅率為17%。
（二）納稅人銷售交通運輸、郵政、基礎電信、建築、不動產租賃服務，銷售不動產，轉讓土地使用權，銷售或者進口下列貨物，稅率為11%：
1.糧食等農產品、食用植物油、食用鹽；
2.自來水、暖氣、冷氣、熱水、煤氣、石油液化氣、天然氣、二甲醚、沼氣、居民用煤炭制品；
3.圖書、報紙、雜誌、音像制品、電子出版物；
4.飼料、化肥、農藥、農機、農膜；
5.國務院規定的其他貨物。
（三）納稅人銷售服務、無形資產，除本條第壹項、第二項、第五項另有規定外，稅率為6%。
（四）納稅人出口貨物，稅率為零；但是，國務院另有規定的除外。
（五）境內單位和個人跨境銷售國務院規定範圍內的服務、無形資產，稅率為零。
稅率的調整，由國務院決定。
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