根據《中華人民共和國財政部國家稅務總局關於印發<個人獨資企業、合夥企業投資者征收個人所得稅的規定>的通知》(財稅[2000]91號)規定，自然人投資的民辦非企業單位征收個人所得稅。
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所得稅方面，由於我國公立學校不能從事生產經營，根據《中華人民共和國國家稅務總局關於印發〈事業單位、社會團體和民辦非企業單位企業所得稅征收管理辦法〉的通知》(1999)第三條規定，公立學校的收入來源基本屬於免稅項目，壹般認為免征企業所得稅。私立學校的情況就不同了。他們的收入更多依賴於高昂的學雜費。許多收入項目可以列入所得稅項目，企業所得稅必須依法繳納。
當然，因為民辦學校是公益性事業單位，很多地區的稅務機關是免其企業所得稅的。但由於企業所得稅是地方稅，很多地區尤其是落後地區開始要求民辦學校繳納企業所得稅，引發爭議。
根據《中華人民共和國國家稅務總局關於印發〈事業單位、社會團體和民辦非企業單位企業所得稅征收管理辦法〉的通知》，學校教育機構不從事生產經營活動或者沒有應納稅所得額的，不需要辦理稅務登記。反之，需要稅務登記。如果需要稅務登記，就意味著學校是某個科目稅的納稅人，所以這是壹個根本問題。
目前各地做法很不壹致。對於公立學校，當地稅務機關壹般不要求有稅務登記義務。但很多地區的民辦學校需要稅務登記，主要是稅務機關認為民辦學校的部分收入不符合免稅條件。