（1）強制淘汰，理由不充分：在人力資源管理中的壹個基本原則是當壹個員工的能力不能勝任工作崗位、達不到崗位的績效要求時應該被淘汰。但是對於末位淘汰機制來說，不論妳是否能夠達到崗位績效要求，只要別人比妳好，妳排在末位，即使勝任工作，仍然被淘汰；
（2）部門間存在差異，留下的未必是優秀的，例如如果壹個人所處的部門比較差，其中壹半的人都不合格，但是最終是只有排在最後的員工才被淘汰，同樣，如果壹個人所處的部門比較優秀，即使自己做的也比較好，由於排在部門末位，也會被淘汰。
（3） 存在法律的風險：末位淘汰，壹般采取的“淘汰”方式為：降薪、調崗或辭退，但是無論哪種方式，都存在法律風險。因調薪、調崗及勞動合同變更，《勞動合同法》第三十五條規定，勞動合同變更應當雙方協商壹致，采取書面形式。如用人單位以員工績效不合格，進而認定其不能勝任本職工作，進而解除勞動合同時，用人單位要對“不能勝任本職工作”承擔舉證責任。舉證責任的範圍包括：績效考核標準、績效標準經民主程序制訂並公示、公告證據、員工績效考核資料、培訓或調崗證據、培訓或調崗後仍然不能勝任工作的證據。
此外，末位淘汰是壹種強勢管理，無形中會增加員工間的競爭壓力，並不利於用人單位的團隊建設和發展，也不符合現代的以人為本的管理實現，因此，建議用人單位在設立、使用末位淘汰制的時候，必須立足於不能勝任的本質，清晰界定員工的工作職責和崗位目標，從員工是否符合用人單位與其約定的崗位表現出發。因此很多企業將末位淘汰機制改為末位管理，就能避免很多不合理和不合法的地方。