1、稅收籌劃基礎不穩導致的風險
中小企業開展稅收籌劃，需要良好的基礎條件。稅收籌劃基礎是指企業的管理決策層和相關人員對稅收籌劃的認識程度，企業的會計核算和財務管理水平，企業涉稅誠信等方面的基礎條件。如果中小企業管理決策層對稅收籌劃不了解、不重視、甚至認為稅收籌劃就是搞關系、找路子、鉆空子、少納稅；或是企業會計核算不健全，賬證不完整，會計信息嚴重失真，甚至企業還有偷逃稅款的前科，或違反稅法記錄較多等等，造成稅收籌劃基礎極不穩固，在這樣的基礎上進行稅收籌劃，其風險性極強。這是中小企業進行稅收籌劃最主要的風險。
2、稅收政策變化導致的風險。
稅收政策變化是指國家稅收法規時效的不確定性。隨著市場經濟的發展變化，國家產業政策和經濟結構的調整，稅收政策總是要作出相應的變更，以適應國民經濟的發展。因此，國家稅收政策具有不定期或相對較短的時效性。稅收籌劃是事前籌劃，每壹項稅收籌劃從最初的項目選擇到最終獲得成功都需要壹個過程，而在此期間，如果稅收政策發生變化，就有可能使得依據原稅收政策設計的稅收籌劃方案，由合法方案變成不合法方案，或由合理方案變成不合理方案，從而導致稅收籌劃的風險。
3、稅務行政執法不規範導致的風險。
稅收籌劃與避稅本質上的區別在於它是合法的，是符合立法者意圖的，但現實中這種合法性還需要稅務行政執法部門的確認。在確認過程中，客觀上存在由於稅務行政執法不規範從而導致稅收籌劃失敗的風險。因為無論哪壹種稅，稅法都在納稅範圍上，都留有壹定的彈性空間，只要稅法未明確的行為，稅務機關就有權根據自身判斷認定是否為應納稅行為，加上稅務行政執法人員的素質參差不齊和其他因素影響，稅收政策執行偏差的可能性是客觀存在的，其結果是：企業合法的稅收籌劃行為，可能由於稅務行政執法偏差導致稅收籌劃方案成為壹紙空文，或被認為是惡意避稅或偷稅行為而加以處罰；或將企業本屬於明顯違反稅法的稅收籌劃行為暫且放任不管，使企業對稅收籌劃產生錯覺，為以後產生更大的稅收籌劃風險埋下隱患。
4、稅收籌劃目的不明確導致的風險。
稅收籌劃活動是企業財務管理活動的壹個組成部分，稅後利潤最大化也只是稅收籌劃的階段性目標，而實現納稅人的企業價值最大化才是它的最終目標。因此稅收籌劃要服務於企業財務管理的目標，為實現企業戰略管理目標服務。如果企業稅收籌劃方法不符合生產經營的客觀要求，稅負抑減效應行之過度而擾亂了企業正常的經營理財秩序，那麽將導致企業內在經營機制的紊亂，最終將招致企業更大的潛在損失風險的發生。稅收籌劃成本包括顯性成本和隱含成本，其中顯性成本是指開展該項稅收籌劃所發生的全部實際成本費用它已在稅收籌劃方案中予以考慮。隱含成本就是機會成本，是指納稅人由於采用擬定的稅收籌劃方案而放棄的利益。例如企業由於采用獲得稅收利益的方案而致使資金占用量增加，資金占用量的增加實質上是投資機會的喪失，這就是機會成本。在稅收籌劃實務中，企業常常會忽視這樣的機會成本，從而產生籌劃成果與籌劃成本得不償失的風險。
稅收籌劃是為企業價值最大化服務的，是壹種方法與手段，而不是企業的最終目的，在這壹點上認識不清，也很可能會作出錯誤決定，如有的企業為了減少所得稅而鋪張浪費，大量增加不必要的費用開支；為了推遲盈利年度以便調整“兩免三減”免稅期的到來而忽視生產經營、造成連續虧損等，這種本末倒置的做法，對企業有害無壹利，必然導致企業整體利益的損失，從而使得整體稅收籌劃失敗。
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