1、職責內容不同
納稅評估是指稅務機關運用數據信息對比分析的方法，對納稅人和扣繳義務人(以下簡稱納稅人)納稅申報(包括減免緩抵退稅申請)情況的真實性和準確性作出定性和定量的判斷，並采取進壹步征管措施的管理行為。
納稅評估工作遵循強化管理、優化服務，分類實施、因地制宜，人機結合、簡便易行的原則。
稽查局的法定職責是專司偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅、抗稅案件的查處。國家稅務總局應當明確劃分稅務局和稽查局的職責，避免職責交叉。
稽查局的現行職責是稽查業務管理、稅務檢查和稅收違法案件查處;凡需要對納稅人、扣繳義務人進行賬證檢查或者調查取證，並對其稅收違法行為進行稅務行政處理(處罰)的執法活動，仍由各級稽查局負責”。新的稽查規程也進壹步明確了稽查局的職責。
2、二者依據不同
稅務評估是根據宏觀稅收分析和行業稅負監控結果以及相關數據設立評估指標及其預警值。綜合運用各類對比分析方法篩選評估對象，對所篩選出的異常情況進行深入分析並作出定性和定量的判斷。
對評估分析中發現的問題分別采取稅務約談、調查核實、處理處罰、提出管理建議、移交稽查部門查處等方法進行處理，維護更新稅源管理數據，為稅收宏觀分析和行業稅負監控提供基礎信息等。
稅務稽查應當以事實為根據，以法律為準繩，堅持公平、公開、公正、效率的原則。
評估結果的處理有下列三種情況：
(1)自查自糾補繳稅款
註意：稅務約談的對象主要是企業財務會計人員。納稅人可以委托具有執業資格的稅務代理人進行稅務約談。
(2)實施日常檢查
(3)移送稅務稽查
註意：評估情況沒有給納稅人的文書(有的省送達評估意見書)。納稅評估分析報告和納稅評估工作底稿是稅務機關內部資料，不發納稅人，不作為行政復議和訴訟依據。
3、二者實施先後順序不同
稅務評估是根據宏觀稅收情況分析存在的問題以及解決方法，對評估中發現的問題采取建議及措施，然後將其移交給稽查部門，稽查部門根據稅務評估部門提供的信息，以公平、客觀、事實依據為準繩對其中產生的問題進行糾察。
擴展資料：
稅務稽查的執法主體是稅務局稽查局。《稅收征管法實施細則》第九條第壹款規定，稽查局的法定職責是專司偷稅、逃避追繳欠稅、騙稅、抗稅案件的查處。國家稅務總局應當明確劃分稅務局和稽查局的職責，避免職責交叉。
”因此，《關於稽查局職責問題的通知》規定“在稅務局與稽查局的職責未明確之前，稽查局的現行職責是稽查業務管理、稅務檢查和稅收違法案件查處;凡需要對納稅人、扣繳義務人進行賬證檢查或者調查取證，並對其稅收違法行為進行稅務行政處理(處罰)的執法活動，仍由各級稽查局負責”。
稅務機關實施日常檢查的職責是清理漏管戶、核查發票、催報催繳、評估問詢，了解納稅人生產經營和財務狀況等不涉及立案核查與系統審計的日常管理，不能混淆了稅務局與稽查局的職責；
國家稅務總局《關於進壹步加強稅收征管基礎工作若幹問題的意見》壹再強調要劃清日常檢查與稅務稽查的業務邊界，避免超越日常檢查的職責，查處稅收違法案件，導致的執法主體錯誤。
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