納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。
審計人員實施審計時，應當按照下列規定辦理：
1、通過檢查、查詢、監督盤點、發函詢證等方法實施審計；
2、通過收集原件、原物或者復制、拍照等方法取得證明材料；
3、對與審計事項有關的會議和談話內容作出記錄，或者要求被審計單位提供會議記錄材料；
4、記錄審計實施過程和查證結果。
需要申請退稅的情形有：
1、企業所得稅匯算清繳：企業所得稅預繳階段，有些稅收優惠是不能享受的，比如加計扣除。如果企業有研發新產品、新工藝，在匯算清繳時進行加計扣除，需要做納稅調減。如果沒有其他納稅調增項目或調增金額小於調減金額，則可能需要在匯算清繳後向稅局申請退稅；
2、追補扣除以前年度的成本費用：對企業發現以前年度實際發生的、按照稅收規定應在企業所得稅前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企業做出專項申報及說明後，準予追補至該項目發生年度計算扣除，但追補確認期限不得超過5年；
3、以前年度虧損忘記彌補：有的企業以前年度有虧損，但是在企業所得稅申報的時候忘記彌補虧損導致多繳了稅款。這種情況可以跟稅局確認後，更正申報，並要求稅局退還之前多繳的稅款；
4、小規模納稅人未達起征點開普票繳納的增值稅：小規模納稅人月銷售不超過10萬（季度銷售額不超過30萬）可以免征增值稅，但是有些未自行安裝稅控機的小規模納稅人找稅局開普通發票，開發票時繳納的稅款也是可以申請退還的。但是要註意，如果開的是專票，在收回全部聯次之前是不能退稅的；
5、報稅人員申報錯誤導致多繳的稅款：如果是企業的報稅人員申報錯誤，導致企業多繳了稅款，在規定期限內可以向稅局更正申報，並要求退還多繳的稅款。
綜上所述，按照國家相關法律規定，納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》第五十壹條
納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。