第四條使用DOS開票子系統的企業通過報稅子系統提交的軟盤和IC卡數據不壹致的，稅務機關應區別不同情況進行處理:
(1)因企業硬盤損壞導致軟盤中專用發票存根聯數量小於IC卡中專用發票存根聯數量的，必須要求企業提供當月所有專用發票存根聯(或其他聯，下同)，通過認證子系統掃描補充，通過納稅申報子系統中的“非常規納稅申報/存根補充”進行采集。
(二)如因企業更換金稅卡導致軟盤中的專用發票存根聯數量大於IC卡中的專用發票存根聯數量(不包括IC卡為零的情況)，可通過“非常規納稅申報表/軟盤補充報告”收集軟盤中包含的專用發票存根聯明細數據，但必須在當月查明這種不壹致的原因並采取措施解決。
(3)如因企業電腦型號不匹配導致IC卡內專用發票存根數據為零，根據系統提示，將軟盤數據存儲在報稅子系統或要求企業通過認證子系統將專用發票存根送稅務征收機關掃描補錄，並通過報稅子系統中的“非常規報稅/存根補錄補報”進行采集。
(4)因企業軟盤質量問題導致稅務機關無法采集專用發票存根數據的，必須要求企業補辦軟盤。
擴展信息(1)納稅人必須按照法律、行政法規規定或者稅務機關依照法律、行政法規確定的申報期限和內容，如實進行納稅申報，報送納稅申報表、財務會計報表以及稅務機關根據實際需要要求的其他納稅資料。
扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限和內容，如實報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表和稅務機關根據實際需要要求報送的其他有關資料。
(二)納稅人、扣繳義務人可以直接到稅務機關辦理納稅申報或者報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表，也可以按照規定通過郵件、數據電文或者其他方式辦理上述申報報送。
(三)納稅人、扣繳義務人未按期辦理納稅申報或者報送代扣代繳、代收代繳稅款報告表的，經稅務機關批準，可以延期辦理納稅申報。經批準延期辦理所需申報、報送事項的，應當按照上期實際繳納的稅款或者稅務機關核定的稅額在納稅期限內預繳稅款，並在批準的延期內進行稅款結算。
百度百科——增值稅專用發票數據采集管理規定