南京車輛購置稅在南京市國家稅務局車輛購置稅征收管理分局交，不能在車管所交。
根據《車輛購置稅征收管理辦法》：
第三條? 納稅人應到下列地點辦理車輛購置稅納稅申報：
（壹）需要辦理車輛登記註冊手續的納稅人，向車輛登記註冊地的主管稅務機關辦理納稅申報；
（二）不需要辦理車輛登記註冊手續的納稅人，向納稅人所在地的主管稅務機關辦理納稅申報。
第四條? 車輛購置稅實行壹車壹申報制度。
擴展資料
繳納車輛購置稅須知：
此前車輛購置稅法要求，納稅人購買自用或者進口自用應稅車輛，申報的計稅價格低於同類型應稅車輛的最低計稅價格，又無正當理由的，計稅價格為國家稅務總局核定的最低計稅價格。國家稅務總局未核定最低計稅價格的車輛，計稅價格為納稅人提供的有效價格證明註明的價格。有效價格證明註明的價格明顯偏低的，主管稅務機關有權核定應稅車輛的計稅價格。
新的車輛購置稅法執行後，就意味著部分納稅人並不需要按照最低計稅價格來確認計稅基礎，僅需按照實際支付的價款。由於購買車輛需要繳納增值稅，則增值稅購買發票上不含增值稅的價格，即可構成車輛購置稅的稅基。
這體現出車輛購置稅稅基與增值稅稅基的趨同，反映出購車消費者能夠按實際支付購買車輛的價款來繳納車輛購置稅，這是合理的稅收負擔。
車輛購置稅應納稅額按照應稅車輛的計稅價格乘以稅率計算。舉個例子，張先生今年7月份在4S店購買了壹輛轎車自用，實際支付給銷售者全部價款18萬元（含增值稅），那麽張先生應繳納車輛購置稅就等於：180000元÷（1+13%）×10%=15929.20元。
百度百科-南京市國家稅務局車輛購置稅征收管理分局
國家稅務總局-關於修改《車輛購置稅征收管理辦法》的決定
人民網-車輛購置稅法7月1日起施行?購車按實付價計稅