南京海事法院是全國第11家海事法院，管轄區域為江蘇沿海海域和長江水道通海水域。南京海事法院內設綜合辦公室、政治部（督查室）、立案庭（訴訟服務中心、審判監督庭）、海事審判庭、海商審判庭、執行局（執行指揮中心）、司法警察支隊、機關黨委。為方便當事人訴訟，還分別在轄區內的連雲港、南通、泰州、蘇州四個城市設立了派出法庭。
南京海事法院管轄範圍為：自江蘇省與山東省交界處至江蘇省與上海市交界處的延伸海域，自江蘇省與安徽省交界處至江蘇省瀏河口之間長江幹線及支線水域，以及江蘇省行政區域內的港口與通海可航水域。
南京海事法院依照《最高人民法院關於海事法院受理案件範圍的規定》，受理下列第壹審案件：海事侵權糾紛案件、海商合同糾紛案件、海洋及通海可航水域開發利用與環境保護相關糾紛案件、其他海事海商糾紛案件、海事行政案件、海事特別程序案件等六大類***108種類型案件。對南京海事法院作出的判決或者裁定，當事人不服提出上訴的，由江蘇省高級人民法院審理。
法律依據：
《中華人民***和國海事訴訟特別程序法》
第四條 海事法院受理當事人因海事侵權糾紛、海商合同糾紛以及法律規定的其他海事糾紛提起的訴訟。
第七條 下列海事訴訟，由本條規定的海事法院專屬管轄：
（壹）因沿海港口作業糾紛提起的訴訟，由港口所在地海事法院管轄；
（二）因船舶排放、泄漏、傾倒油類或者其他有害物質，海上生產、作業或者拆船、修船作業造成海域汙染損害提起的訴訟，由汙染發生地、損害結果地或者采取預防汙染措施地海事法院管轄；
（三）因在中華人民***和國領域和有管轄權的海域履行的海洋勘探開發合同糾紛提起的訴訟，由合同履行地海事法院管轄。