1、辦公室：負責處理局機關日常政務，組織全年工作會議及全局性重要會議，起草和審核有關文件和報告；負責全局性工作的計劃、督查督辦；負責提案辦理、秘書事務、文電處理、信息綜合、文書檔案、辦公自動化和信訪、機要保密、地方稅務年鑒和地方誌編撰工作；負責機關財務管理工作；負責全系統稅收宣傳的計劃指導、統籌管理和重要宣傳稿件的審批工作。
2、人事處（老幹部處與人事處合署）:負責全市系統的幹部人事管理工作；按照幹部管理權限，負責系統領導班子建設和後備幹部隊伍建設；負責處（縣局）級幹部的教育培訓有關工作；負責系統能級管理工作；負責系統幹部人事、勞動工資、機構設置和人員編制管理、幹部任免、調配、人事檔案、人事統計、公務員年度考核等管理工作；負責全系統專業技術職稱評審、出國人員審查報批工作。負責全系統離退休幹部的管理、服務工作。
3、基層工作處：負責全系統的思想政治工作和精神文明建設；負責系統內先進集體、先進個人的評選表彰和基層創建等項工作；負責全系統的崗位責任制考核工作；負責系統幹部教育培訓計劃和管理等有關工作。
4、計劃財務處：貫徹執行稅收計劃、會計、統計制度；負責南京市地方稅稅源的調查、預測和各項地稅收入、基金（費）收入計劃的編制、分配、組織稅款入庫工作；負責稅收會計核算、稅收數據的統計分析和報表匯總；負責稅收票證的印制和管理；負責南京市地稅系統稅務經費、財務、會計的管理和監督；參與系統內部審計工作。
5、征收管理處：負責組織實施稅收征管法律、法規和規章制度，研究制定加強征收、管理的制度辦法；負責征收管理改革工作；負責稅務登記、納稅申報、發票、納稅評估的管理工作；負責緩繳稅款、欠稅管理及稽核管理工作；負責個體工商業戶及零散稅收征收管理工作；負責護稅協稅管理工作。
6、稅政壹處：負責營業稅的稅政業務和征收管理工作；按照稅收管理權限，擬定營業稅征收管理的具體實施辦法；負責調查研究、處理、反饋政策執行和征收管理中的問題。負責涉外稅收法規、政策的貫徹落實、綜合協調及日常管理工作。
7、稅政二處：負責地方企業所得稅、個人所得稅的稅政業務和征收管理工作；負責城鎮集體企業和私營企業的財務管理檢查工作；按照稅收管理權限，擬定有關稅種征收管理的具體實施辦法；負責調查研究、處理、反饋有關稅種政策執行和征收管理中的問題。
8、稅政三處：負責土地增值稅、城市維護建設稅、車船使用稅（車船牌照使用稅）、城鎮土地使用稅、固定資產投資方向調節稅、印花稅、房產稅（城市房地產稅）、屠宰稅、筵席稅、資源稅和教育費附加等的稅政業務和征收管理工作；按照稅收管理權限，擬定有關稅種征收管理的具體實施辦法；負責調查研究、處理、反饋有關稅種政策執行和征收管理中的問題。負責省、市政府規定的各項基金（費）的征收管理工作，按照管理權限，制定具體征收管理辦法；負責處理執行基金（費）政策中的有關事項。
9、政策法規處：負責組織地方稅收法制工作的調查研究；參與有關地方稅收法規、規章的起草、宣傳工作；負責稅收咨詢工作；負責稅務行政執法責任制的制定和貫徹落實；負責組織對本系統的執法檢查、案件復查工作；負責重大稅務案件審理、稅務行政處罰聽證、稅務行政復議、行政訴訟、國家賠償等工作；負責涉稅案件移送的管理工作；負責稅務案件鑒定的事務工作；承擔有關稅收法規文件的清理、鑒定、匯編工作。
10、信息管理處：負責全系統信息化規劃管理及制度建設工作；負責全系統信息化應用管理工作；負責信息化建設項目立項管理、項目過程監督和組織項目驗收工作；負責各類軟件需求的管理工作；負責數據采集、數據處理、數據變更、數據標準、數據審計等質量管理工作；負責數據即席查詢、交換數據應用和數據推送等數據資源服務工作；負責全系統信息安全管理工作；負責全系統計算機設備、經費的審核管理工作。
11、監察室：負責全系統黨的紀律檢查工作和行政監察工作；負責本系統黨風廉政建設工作；負責查處地稅機關和工作人員違法違紀案件，辦理有關人民來信來訪；負責執法監察和行風建設工作；負責組織內部審計工作。黨組紀檢組與監察室合署辦公。
12、機關黨委：負責所轄黨組織的管理和黨員的教育管理工作；負責市局機關思想政治工作、精神文明建設，負責系統工會、系統婦委會、機關團委、關工委等群團組織工作；負責機關崗位責任制考核工作。
13、計算機中心：負責計算機軟件設計開發與維護工作；負責主機、網絡、安全設備、機房等系統建設與維護工作；負責系統安全管理控制、網絡安全、數據存儲安全及防病毒工作；負責軟硬件設備的采購與調撥工作；負責機關計算機耗材的采購與管理工作；負責機關計算機設備維護和代維管理工作。
14、幹部培訓中心：負責全系統幹部職工崗位培訓、崗前培訓和各類業務知識、專業技能培訓的實施工作；負責系統兼職教師管理工作。
15、機關後勤服務中心：負責全系統的固定資產管理、物業管理和物資保障工作；負責全系統基本建設、裝備、服裝、車輛和食堂管理工作；負責機關辦公用品的管理工作；負責局機關的接待服務工作和文昌賓館的管理工作。 負責組織貫徹稅務稽查規章制度，研究制定加強稽查和日常檢查的制度；負責全系統稅務稽查業務管理和舉報管理工作；負責全系統日常檢查的計劃管理和組織實施工作；負責全市範圍內（不含兩縣）稅務稽查計劃的管理工作；負責全市城郊區範圍內的選案稽查、專項檢查、專案檢查及涉稅違法案件查處的組織實施工作（含兩縣地域內年納稅額200萬元以上重點稅源戶和舉報案件的稽查）；負責組織整頓規範稅收秩序工作；負責與市稅務公安辦的聯系協調，與公安部門聯合組織實施打擊偷稅犯罪等工作。
高新技術產業開發區、玄武、白下、秦淮、建鄴、鼓樓、下關、雨花臺、棲霞（經濟技術開發區）、沿江工業開發區稅務分局，江寧、浦口、六合地稅局
負責貫徹實施稅收征管法律、法規及規章制度；負責轄區範圍內納稅申報、稅款（包括社會保險費及各項基金、費）日常征收工作；負責稅務登記、專項登記工作；負責轄區範圍內稅收（基金費）政策的宣傳培訓輔導工作；負責稅收票證、社會保險費及各項基金票據的領、核、銷工作；負責涉稅事項申請的受理、調查、審批、報批工作；負責未申報、未入庫(含社會保險費)的催報催繳工作；負責稅戶動態信息核查和數據管理工作；負責網上辦稅服務工作；負責發票的日常管理及檢查工作；負責集體（私營）企業財務、資產管理工作；負責納稅評估、納稅信譽等級評定工作；負責個體和零散稅收征收、管理、檢查，定期定額的核定工作；負責日常檢查工作；負責委托代征日常管理工作；負責與稅務公安辦的協調工作；負責經濟稅源的預測和監控，區域內各級次收入計劃工作；承擔所在地政府的稅收收入協調和護稅協稅等工作。 主要負責轄區範圍內所有納稅戶的征收、管理、稽查工作，具體包括：負責管轄範圍內納稅人納稅申報的受理、審核；稅款、滯納金、罰款、基金（費）征收；咨詢輔導工作；稅務登記、專項登記工作；稅收票證、社會保險費及各項基金票據的領、核、銷工作；負責稅收宣傳培訓工作；涉稅事項申請的受理、調查、審批、報批工作；催報催繳工作；稅收會計、統計、分析和報表編制工作；稅戶動態信息核查工作；註銷稽核的組織實施工作；經濟稅源的預測和監控工作，區域內各級次收入計劃工作；集體（私營）企業財務、資產管理工作；納稅評估、納稅信譽等級評定及稅種稽核工作；個體和零散稅收征管工作；定期定額的核定工作；發票管理及稽核工作；稅務稽查業務管理工作<SPAN>;本單位年度稅務稽查計劃的管理工作；選案稽查、專項檢查、專案檢查及涉稅違法案件查處的組織實施工作；與稅務公安辦聯合組織實施打擊偷稅犯罪等工作。
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