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跨國公司稅收制度的確定要考慮稅收收入目標和稅收調節經濟目標的協調，妥善處理好二者的關系。壹般來講，稅收收入目標和調節經濟目標是對立統壹的，所謂對立就是兩目標是不同的概念，而且目標常常排斥。當強調稅收收入目標時，如果經濟發展落後，稅源狹窄，必然加重稅收負擔，稅收對經濟的調節可能帶來負效應。在發展中國家情況尤為如此，由於發展中國家政府承擔更多的職能，需要更多的稅收收入，但是經濟規模小，要實現收入目標，可能會加重納稅人的稅收負擔，最終抑制經濟的增長。因此發展中國家特別要處理好經濟增長目標和稅收收入目標的關系。在引進跨國公司直接投資時，東道國政府制定稅收政策應堅持經濟增長目標優先，兼顧稅收收入目標。我國過去十幾年來，兩目標的關系處理的比較好，由於給予外國直接投資大量的稅收優惠，吸收了巨額的外國直接投資，使我國的經濟總規模成倍擴大，稅源拓寬，盡管稅率較低，外資企業的稅收收入仍然急劇增加。今後隨著世界經濟壹體化的加深、我國加入世界貿易組織以及發展經濟的需要，在制定跨國公司稅收政策時仍然應把引進外資、推動經濟增長目標放在首位。
2.跨國公司稅法的制定
跨國公司稅法的制定是跨國公司稅收活動的重要環節，是跨國公司稅收制度和稅收政策的具體化。跨國公司是在主權國家之間從事生產經營活動，對跨國公司課稅涉及到主權國家的利益，跨國公司稅收調節是代表國家主權，因此跨國公司稅收法律應有更高的權威性，跨國公司稅法應由主權國家最高權力機構頒布，這是國際比較普遍通行的辦法。西方發達國家由於實行法制時間很長，立法思想比較成熟、立法程序嚴格、立法水平高、立法範本科學，因此跨國公司稅收立法非常嚴密，簡潔明了，可操作性強，確保了西方國家具有高質量的跨國公司稅收法律、法規體系，為跨國公司稅收征收管理高效率奠定了堅實的基礎，也強化了跨國公司稅收政策的全面實施。
我國改革開放20年來，立法制度逐步完善，稅收立法也取得成績，跨國公司稅收立法日益成熟，但是我國跨國公司稅收法律只有少數是由全國人大頒布，絕大多數是國務院頒布的條例以及部門和地方規章，權威性不強，不利於維護跨國公司利益，也和國際慣例不相適應。隨著加入WTO的需要以及各類跨國公司的大量進入，提高我國跨國公司稅收立法的層次非常重要。對過濫、過雜的跨國公司稅收法規、規定應盡快清理整頓，建立適合新形勢的層次高、簡潔明了、統壹、科學和國際慣例靠攏的跨國公司稅收法律體系，確保跨國公司課稅活動的高效運行，確保跨國公司稅收調控高效率。在立法過程中，要按照《立法法》的規定，嚴格立法程序、進行科學論證、深入調查研究，堅持公平、公開、透明的原則，制定出和國際慣例接軌的跨國公司稅收法律體系。
3.跨國公司稅收征收管理
跨國公司稅收征收管理是把稅收法律由條文變為現實的執行和操作過程，是稅收調控主體作用於客體的過程，在稅收征收管理活動中有著重要的意義。稅收征收管理活動包括征收過程和管理過程兩個階段。在征收階段，稅務部門根據稅法規定，采用專門的方法，通過確定營業收入、成本、利潤等指標，最後計算出稅金，將稅金上交國庫，實現稅收收入目標。這個過程也是稅收調控的實施階段，在課稅過程中，跨國公司、母國、東道國的物質利益發生重新分配，跨國公司會按照利益最大化原則改變其行為，體現了稅收調節經濟職能。如果缺失這壹階段或這壹階段未嚴格按稅法規定執行，稅收收入目標可能達不到預期規模，稅收調控也可能達不到預期的效果。稅收管理過程主要是稅收管理主體對客體規定了壹系列的納稅程序、稅金計算、稅務稽查、違章處理等有關納稅事宜，是稅收收入足額入庫的保證，也是稅收調控職能發揮的保證。世界上幾乎所有國家都制定了專門的稅收征收管理法，來規範征稅過程和管理過程，保證稅收制度的準確實施，保證稅收調節經濟目的的實現。
跨國公司稅收征收管理還要涉及到跨國公司母國和東道國之間的協調，許多國家制定了具體的合作辦法。比如國際稅收協定規定了簽約方有相互提供稅收情報、進行信息交流、***同防止跨國公司偷漏稅的義務，也規定防止濫用稅收協定的有關條款；歐盟訂有《相互援助指令》和《稅務相互協助公約》；OECD制定有《OECD同期稽查協議範本》等等。這些都規定了稅收征收管理的國際協作，強化了對跨國公司的稅收管理，保證了跨國公司稅收調控預期目標的實現。我國這方面比較滯後，應加快跨國公司稅收征收管理的國際合作步伐。
4.跨國公司稅收司法
跨國公司稅收司法是指擁有司法權的國家機關在憲法和法律規定的職權範圍內，按照法定程序依法審理判決有關涉及跨國公司的稅務糾紛案件和稅收犯罪案件的活動，跨國公司稅收司法主要包括稅收行政訴訟和稅收刑事訴訟。稅收行政訴訟其程序為原告人的起訴、法院受理、案件審理、判決、執行。稅收刑事訴訟司法程序包括稅務機關將違法案件移送檢察院，檢察院受理後，予以立案，並為提起公訴作準備，檢察院經過審查，對必須依法追究刑事責任的、向法院提起公訴、法院受理公訴、立案審判。稅收司法對違反稅收法律的犯罪分子予以懲處，對有爭議案件進行解決，保證跨國公司稅收制度和稅收政策的貫徹實施，是跨國公司稅收征收管理活動順利進行的保證，也是實現國家跨國公司稅收政策的保證。跨國公司稅收司法還要求有關國家間按照國際法的規定密切配合，在有關跨國公司案件取證、拘捕、審判等活動中予以通力的合作。由於許多國家在法律體系方面存在著差異，對跨國公司稅收案件的處理還需要有關國家進行具體的協調，盡可能在法律框架內，妥善處理好各方面稅收利益關系，使違法者得到應有的懲罰。
二、跨國公司稅收調控機制本質運動形態——收益的變動
跨國公司稅收調控機制本質運動主要是指通過課稅變動母國與跨國公司、東道國與跨國公司以及母國與東道國之間的物質利益關系，亦即變動跨國公司、東道國、母國的收益。收益變動包括以下內容：
1.商品稅稅負變化對收益變動的影響
商品稅稅負變動對收益變動的影響可通過商品稅負擔的最終歸宿來分析。許多學者對商品稅的歸宿進行了局部均衡分析和壹般均衡分析。在局部均衡分析中，得出了商品稅的歸宿由課稅商品的供需曲線的相對彈性而定，在需求曲線固定的情況下，供給曲線越缺乏彈性，商品生產者稅負越重；在供給曲線固定的情況下，需求曲線越缺乏彈性，商品的消費者稅負越重。通過壹般均衡分析發現稅收由生產者負擔，生產者所得降低，收益下降；壹般來講，稅率越高、稅負越重，收益下降幅度越大。以上說明，對跨國公司課征商品稅，會影響跨國公司的收益，進而影響跨國公司的行為。
跨國公司商品稅負擔是如何使收益變動的呢？由於商品稅與邊際成本之間具有相關性（原因是邊際成本與固定成本無關，只與可變成本有關，而可變成本是隨著產量的增加而增加，因此隨著產量的增加，邊際成本也是遞增的；由於商品稅與生產量成正比，因此商品稅與邊際成本正相關），這就決定了商品稅具有通過與價格機制的相互作用引起收益變動的功能。對跨國公司征收商品稅，跨國公司的邊際成本會三升，如果存在產品的市場價格上升，那麽會發生替代效應，消費者的消費行為發生改變，在存貨不變的情況下，會影響跨國公司銷售量，最終跨國公司收益發生變動。如果價格不變，跨國公司商品稅負將增加邊際成本，直接降低企業利潤，導致收益下降。至於收益變動的幅度取決於稅率的高低、市場的供求情況以及產品的供求彈性等因素。
2.所得稅稅負變化對收益變動的影響
所得稅稅負變動對收益變動的影響可以通過分析公司所得稅稅負的最終歸宿來確定。由於公司所得稅課征的對象是經濟體系中所有的公司，而不是某壹產業的公司，所以必須運用壹般均衡分析法來分析公司所得稅的歸宿。許多學者（比如Arnold C Harberger，美國）通過對可能的影響因素進行分析後認為，在所有情況下，公司幾乎負擔了全部的公司所得稅。因此征收公司所得稅必然降低公司收益，公司所得稅稅率越高，稅負越重，收益下降幅度越大。也有的學者認為，由於許多公司具有相當程度的壟斷，可以輕易擡高價格，將部分稅負向消費者轉移。但是無論何種觀點，公司所得稅導致的稅負必定影響公司的收益，這是確信無疑的，只不過會計利潤小於稅法固定的應納稅所得，會產生以後期間增加所得稅費用的情況。
舉例分析：
某企業1994年12月購置設備壹臺，價值180萬元，按稅法規定該設備使用年限為6年，企業經稅務機關批準采用加速折舊，折舊年限為3年，第四年起不再提折舊。加上該企業1995年－2000年每年的所得稅稅前利潤總額均為100萬元，所得稅稅率為33%。
該企業就存在時間性差異的問題。按稅法規定每年計提折舊額30萬元（不計算殘值），而按加速折舊每年計提折舊額60萬元，每年的時間性差異為30萬元。
按應付稅款計算：1995年－1997年每年應交所得稅42.9萬元[(100+30)×33%]，每年所得稅費用為42.9萬元，每年凈利潤為57.1萬元；1998年－2000年每年應交所得稅23.1萬元[(100-30)×33%]，每年所得稅費用為23.1萬元，每年凈利潤為76.9萬元。
按納稅影響會計法：1995年—1997年每年應交所得稅42.9萬元，遞延稅款9.9萬元，每年所得稅費用為33萬元，每年凈利潤為67萬元；1998年—2000年每年應交所得稅23.1萬元，每年所得稅費用為33萬元，每年凈利潤為67萬元。
實例說明，不同的所得稅會計處理方法，計入當期所得稅費用的金額是不同的，直接影響當期凈利潤的數額。因此，在市場經濟條件下，企業財務人員應該通過對生產經營活動和財務活動的合理籌劃和安排來節省所得稅費用，以求利潤最大化。同時作為稅務人員，代表國家執法，應該認真稽核企業所得稅，掌握企業在調整納稅時的方法，防止不合理的調整造成稅款的流失。
在實踐中，對時間性差異的處理方法又具體分為：遞延法和債務法兩種，主要區別是在對遞延稅款是否隨國家稅率變動而進行調整。因此，在審核企業應交稅金時也要註意。
公司負擔的所得稅負如何使收益發生變動呢？所得稅與產品邊際成本無關決定了跨國所得課稅機制具有通過它與利潤或所得函數關系形成利益導向，對跨國公司直接投資產生直接影響。由於跨國公司所得稅與產品邊際成本不相關，因此跨國公司所得稅至少在短期內不會引起商品價格的變動。在涉外稅收協調體系的制約下，跨國公司所得稅稅負的高低直接影響投資收益率的變動，進而影響納稅人經濟行為的變動。
3.國際稅收協調對收益變動的影響
國際稅收協調是指跨國公司母國和東道國為了各自的利益，使跨國公司稅負適度、免除國際重復課稅、制裁國際偷漏稅、消除惡性稅務競爭，在承認各國稅務管轄權的情況下，通過平等協商、互惠互利，簽定多邊或雙邊稅收協定，確保母國和東道國稅收利益公平，確保跨國公司稅收負擔合理，投資收益穩定增長。國際稅收協調主要是通過簽定多邊和單邊稅收協定來實現。國際稅收協調機制主要包括以下方面：壹是稅收管轄權的國際協調。由於經濟發達國家更多的對外直接投資，傾向於居民稅收管轄權，發展中國家以引進外國直接投資為主，傾向於實行地域管轄權為主，要避免重復課稅，必須通過稅收豁免、稅收饒讓、稅收抵免等多種手段進行協調。二是轉讓定價的國際協調。由於各國稅制的差異、稅負的差異，跨國公司往往利用其全球網絡的優勢，通過產品定價權轉移稅基，達到避稅目的，損害東道國的利益，這就需要有關國家***同協調，消除這壹問題。三是稅收優惠的協調，包括兩方面內容：首先，東道國給予跨國公司的稅收優惠，母國應給予全部或部分抵扣，確保跨國公司有較高的收益，實現東道國稅收調控目的；其次，許多國家為了引進外資，爭相降低稅負，展開稅務競爭，對經濟和稅收收入帶來負效應。所以，國家間非常有必要進行國際協調，來消除負效應。四是稅收征管的協調，包括交換稅收情報、建立征管協作機制、跨國稅務審計、派駐稅務官員等。