南寧市國家稅務局內設機構13個，級別為正科級。
（1）辦公室
擬訂本系統年度工作計劃、有關工作制度；起草和審核市局重要文稿；負責機關文電、機要、會務、檔案、督查督辦、信訪、保密、密碼等工作；組織協調系統安全管理和維穩工作；承擔面向社會的稅收宣傳、新聞發布及機關政務公開、政府信息公開工作；組織人大代表建議和政協委員提案辦理;承辦網站運行和維護工作；組織稅收科研、學術交流工作；協助局領導對有關工作進行綜合協調。（2）政策法規科
擬訂並組織實施本系統依法行政、依法治稅工作方案;組織協調涉及多稅種、綜合性稅收政策的落實工作；組織實施綜合性稅收政策調研；承擔機關有關規範性文件合法性審核工作，並定期進行清理、評估和反饋；承辦局外涉及多稅種、綜合性稅收政策文件會辦工作；承辦稅收規範性文件的備查備案工作；牽頭重大稅收案件審理及規範稅務行政審批工作；辦理行政復議、行政賠償案件及行政訴訟案件；組織反補貼案件的應對工作；組織落實稅收執法責任制，組織實施稅收法律法規、部門規章及規範性文件執行情況的監督檢查，承擔稅收執法質量考核工作，組織落實稅收執法過錯責任追究制度；配合財政、審計等部門對稅務部門的稅收執法監督工作，督查落實稅收執法檢查結論和各類審計結論。
（3）貨物和勞務稅科
組織實施增值稅、消費稅、車輛購置稅的征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理等辦法；管理增值稅專用發票、增值稅抵扣憑證（海關完稅憑證、貨物運輸發票、機動車銷售統壹發票以及農產品收購憑證）；負責增值稅計稅憑證的稅控、稽核和審核檢查管理工作；負責增值稅“壹窗式”比對管理工作；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
（4）所得稅科
組織實施企業所得稅、儲蓄存款利息所得稅和法律法規規定的基金（費）等征收管理工作，擬訂征收管理具體實施辦法；對有關稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施有關稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等辦法；指導有關稅種的日常管理、日常檢查；參與有關稅種的納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟工作。
（5）收入核算科
牽頭編制年度稅收計劃、出口退（免）稅計劃，分配下達年度免抵調庫計劃；指導組織收入工作，分析檢查稅收計劃執行情況；負責稅款征收信息的集中處理，監督檢查稅款繳、退庫情況；組織開展稅收收入分析預測、稅收收入能力估算及重點稅源監控、企業稅收資料調查工作；落實稅收會計核算、統計核算、稅收票證管理等相關工作和制度；承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作，對外發布稅收收入數據。
（6）納稅服務科（納稅服務中心）
組織、協調和指導本系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織落實納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；承擔12366熱線、網站納稅服務欄目、短信系統的運行管理工作。
將原設置的市局辦稅服務廳職責並入納稅服務科，並加掛納稅服務中心牌子。納稅服務中心（對外稱辦稅服務廳），其工作職責為：負責辦理納稅人的各類涉稅事項，包括辦理納稅人、扣繳義務人稅務登記事項；辦理發票發售、代開、審驗、收繳等發票管理事項；辦理納稅申報、認證、稅款征收、申報資料接收等涉稅事項；實施稅務違法的簡易處罰（發票違章）；受理納稅人投訴；實施面向納稅人稅法宣傳；受理納稅人涉稅審批申請；開展納稅咨詢、提供辦稅輔導（12366服務熱線咨詢、首問崗、納稅人之家等咨詢工作）；辦理其他相關事項。
（7）征收管理科
組織落實綜合性稅收征管法律法規、部門規章及規範性文件，擬訂具體操作辦法；研究提出專業化征收管理和稅收征管規程完善的建議；組織落實稅收征管數據管理和應用辦法、綜合性納稅評估辦法，承辦征管質量考核、風險管理和稅收收入征管因素分析工作；承擔稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣應用等方面的相關工作；組織落實個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度；負責金稅工程的管理及推廣應用工作。
（8）財務管理科
負責管理機關和本系統財務工作；擬定財務管理、基本建設管理、政府采購等辦法；審核匯編部門預算、決算；組織實施會計核算、會計基礎規範工作，分析考核征稅成本；組織實施國庫集中支付工作，辦理具體支付事項；承擔本系統基本建設、資產管理、政府采購、著裝管理工作；組織實施財務預算管理、基本建設項目、大宗物品采購審計和領導幹部經濟責任審計工作；配合財政、審計等部門對稅務部門的財務管理監督與審計工作。
（9）人事科
組織落實幹部人事管理制度；承擔機構編制、幹部任免、人員調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；承擔下壹級領導班子及領導幹部和後備幹部的管理、考核及監督工作；監督檢查本系統執行幹部人事規章制度情況；按照幹部管理權限，辦理科以下幹部因私出國政審事項；擬訂年度巡視工作計劃，組織開展巡視工作；組織實施本系統思想政治工作。
（10）教育科
組織實施本系統精神文明建設、稅務文化建設和基層建設；擬訂並組織實施人員培訓、學歷教育工作規劃、年度計劃，開展培訓質量考核與評估；承擔系統普法工作。
（11）監察室
組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查本系統各單位、各部門及工作人員貫徹執行黨的路線方針政策和遵守國家法律法規、部門規章等情況；監督檢查本系統各級領導班子及其成員貫徹民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本系統工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處本系統工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察和糾風工作。
（12）大企業和國際稅務管理科
承擔對大型企業提供納稅服務工作；承擔對大型企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查工作；承辦匯總（合並）納稅企業稅收日常檢查工作；承擔有關稅收法律法規和國家（地區）間稅收協議、協定（安排）的具體執行工作；組織落實非居民企業所得稅征管制度，處理國家(地區)間的有關稅務事項；牽頭組織實施特別納稅調整工作，解釋和處理具體業務問題；管理機關和系統外事工作。
（13）進出口稅收管理科
組織實施進出口貿易稅收管理工作，擬訂稅收管理具體實施辦法；組織實施出口退稅管理工作；監督檢查進出口稅收政策的執行情況；承擔出口貨物退免稅的審核審批工作；組織進出口稅收政策執行情況的日常監督檢查；配合有關部門開展反騙稅工作。
機關黨辦負責機關和直屬單位的黨建工作；指導系統黨建工作；負責機關精神文明建設和機關人員思想政治工作；負責機關統戰工作；指導協調機關工會、***青團、婦委會工作。
離退休幹部科 承擔機關離退休幹部的服務和管理工作，督促、檢查、指導本系統離退休幹部工作；組織離退休幹部工作經驗交流，協調本系統離退休幹部活動。