1. 增值稅：農業企業銷售自產農產品時，需要繳納增值稅。但是，根據國家稅收優惠政策，部分農業產品可能享受免稅或者低稅率的待遇。
2. 企業所得稅：農業企業需要按照利潤繳納企業所得稅。同樣，根據國家稅收政策，壹些農業項目可能享受減免稅優惠。
3. 土地使用稅：對於使用的土地，農業企業需要繳納土地使用稅。
4. 資源稅：如果農業企業涉及對自然資源的開采和利用，如水資源、礦產資源等，則需要繳納相應的資源稅。
5. 印花稅：在簽訂某些合同時，農業企業需要按照合同金額繳納印花稅。
關於您提到的“免費企業”和“合作社”的問題，這可能是基於當地稅收政策和財務管理制度的考慮。在中國，為了支持農村經濟和農業發展，政府出臺了壹系列稅收優惠政策。例如，農民專業合作社在壹定條件下可以享受減免稅待遇。因此，壹些農業企業可能會設立合作社來合法享受這些稅收優惠。同時，通過合作社與公司之間的交易，可以規範賬目，提高企業的經營透明度。
至於員工采購物品需要發票才能報銷的問題，這是因為發票是重要的財務憑據，用於證明支出的真實性。沒有發票，企業很難證明該筆支出是合理的商業開支而非個人消費。此外，企業在進行稅務申報時，需要提供相應的發票作為支出的證據，沒有發票可能導致企業無法將這部分支出計入成本費用，從而影響稅務處理和企業的凈利潤。
總之，農業企業在運營中需要遵守相關稅收法規，並合理利用稅收優惠政策。同時，為了保證企業財務管理的規範性和透明度，以及確保稅務合規，企業通常會要求員工提供正規發票進行報銷。