首先要明確壹個概念，個人所得稅的納稅主體是員工個人，而不是公司。公司的平常做的工作只是代扣代繳個人所得稅，是扣繳義務人。
員工和任職公司的關系是納稅和扣繳義務人的關系。把這層關系弄清楚就很好回答這個問題。
個人所得稅的征收模式，是由支付工資的單位代扣代繳稅款。在個人所得稅的征收模式當中有三個角色，第壹是稅務局、第二是任職單位、第三是員工。
個人所得稅的納稅人是員工
當員工取得的工資薪金，扣除每月基本費用5000元，以及其他各項扣除之後，仍然有應納稅所得額時，就需要繳納稅款。
但是因為計算繳納稅款的過程比較復雜，也比較專業，要求員工個人來完成太困難，效率也很低。
個人所得稅的扣繳義務人是任職單位。
所以負責征收稅款的稅務局就想到了壹個辦法，也就是代扣代繳模式。由支付工資的單位，把應扣繳的個人所得稅扣下之後，再把工資的剩余部分發放給員工。這種模式最大好處就是征稅效率很高。
總結成壹句大白話，代扣代繳模式就是稅務局把征稅的任務派給了任職單位，由任職單位來計算員工應當繳納的個稅，在應發總工資當中扣下稅款之後，再把剩余部分發給員工。
所以不管需要補稅還是退稅，主體都是員工個人。如果需要補稅，應當由員工個人補繳，如果需要退稅稅款也是直接退到員工個人賬上，並不會退到任職單位的賬上。
支付工資的單位無權索取個人所得稅退稅，但是可以向主管稅務機關申請代扣代繳個稅的手續費。根據《個人所得稅法》第17條的規定，對扣繳義務人按照所扣繳的稅款付給2%的手續費。員工的任職單位是個人所得稅的扣繳義務人。
因為員工的任職單位平常在幫稅務局幹著扣繳稅款的活，那麽為了感謝他們的付出，所以稅法規定可以支付扣繳稅款2%的手續費，這個是他們的法定權利。
只有扣繳稅款的手續費才是任職單位合法收入，而對員工個人的退稅，任職單位是無權索取的。