企業購買客運服務並獲取增值稅發票後，可將發票上的稅額作為進項稅額抵扣。企業辦理稅務登記後，應建立發票管理制度，按期申報納稅，並將稅款繳入國庫。納稅申報時，需提供財務會計報表、合同協議書、電子報稅資料等材料，並配合稅務機關進行自查和接受檢查。客運服務費增值稅發票可用於抵扣。
企業稅務管理的基本原則：
1、合法性原則：企業在進行稅務管理時必須遵守國家稅法和相關法規，確保所有稅務活動合法合規；
2、經濟性原則：在滿足稅法規定的前提下，企業應合理安排稅務事項，以降低稅收成本，提高經濟效益；
3、準確性原則：企業應確保稅務賬目的準確性，避免因賬目錯誤而導致的稅務風險；
4、及時性原則：企業應按照稅法規定的時間及時申報納稅，避免滯納金和罰款；
5、審慎性原則：在處理稅務問題時，企業應保持審慎態度，對於稅務風險要進行充分評估和預防。
綜上所述，企業購買客運服務並持有相應的增值稅發票後，可以將該稅額作為進項稅額進行抵扣，同時企業需遵循稅務登記、建立發票管理制度、按期申報納稅，並提供相應的財務會計報表和其他相關材料，以便順利完成稅款繳納並配合稅務機關的自查與檢查工作。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第壹條
為了加強稅收征收管理，規範稅收征收和繳納行為，保障國家稅收收入，保護納稅人的合法權益，促進經濟和社會發展，制定本法。
第二條
凡依法由稅務機關征收的各種稅收的征收管理，均適用本法。
第三條
稅收的開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅，依照法律的規定執行；法律授權國務院規定的，依照國務院制定的行政法規的規定執行。任何機關、單位和個人不得違反法律、行政法規的規定，擅自作出稅收開征、停征以及減稅、免稅、退稅、補稅和其他同稅收法律、行政法規相抵觸的決定。
第四條
法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。