答：可以。
根據《國家稅務總局關於研發費用稅前加計扣除歸集範圍有關問題的公告》(國家稅務總局公告2017年第40號)規定，用於研發活動的設備，其對應的折舊費用應當歸集為研發費用。而只有符合條件的研發活動，其研發費用可以加計扣除。
因此，公司改變儀器的用途，那麽改變後用於研發的儀器，在滿足該活動是屬於符合條件的研發，且取得了相關的扣除憑證，那麽其折舊可以計入研發費用加計扣除。
相關規定：國家稅務總局公告2017年第40號三、折舊費用指用於研發活動的儀器、設備的折舊費。
(壹)用於研發活動的儀器、設備，同時用於非研發活動的，企業應對其儀器設備使用情況做必要記錄，並將其實際發生的折舊費按實際工時占比等合理方法在研發費用和生產經營費用間分配，未分配的不得加計扣除。
(二)企業用於研發活動的儀器、設備，符合稅法規定且選擇加速折舊優惠政策的，在享受研發費用稅前加計扣除政策時，就稅前扣除的折舊部分計算加計扣除。