發票編碼將按照總局從左至右排列的12位編碼規則進行修改。12位編碼規則如下:
第壹位是統壹的國家稅務局代碼1，地方稅務局代碼2；
第2、3、4、5位由市縣行政區劃代碼的後4位改為地級市行政區劃代碼的前4位。地級市以下的市(縣)使用地級市的行政區劃代碼，如江門市原來是0700，新會區現在統壹為4407。省局統壹監制發票行政區劃代碼為4400；
第6位和第7位是發票打印年份的後兩位(如2005年05)；
第八位為總局行業代碼，其他發票(地稅)類別代碼統壹為0；交通運輸業為1；建築安裝業為2；金融保險業為3；郵電通信業為4；文化體育業為5；娛樂業和服務業統壹為7個；8 .無形資產的轉讓；房地產銷售由8改為9。
第八位是稅務總局行業代碼，國稅發票1是工業，2是商業，3是加工修理，4是收購，5是水電，6是其他行業。
第9、10、11位為發票類型代碼，其中001-099為省局制定下發的全省統壹樣式發票代碼(見附件)，100-999為各市統壹監制的省市印制的企業名稱發票代碼；
12位是發票批次代碼。
增值稅普通發票的前三位是112。