所得稅應該向註冊地稅務局進行繳納。
因為樓主的公司在北京只是異地經營，工商、稅務的登記和註冊還是顯示為原註冊地，所以不能解決就職員工的戶口問題。
並且，即使樓主的公司是在北京登記、註冊的，如果不是具有相當規模的，國有性質的企業，恐怕也解決不了員工的戶口問題。