如果對方公司被稅務局調查，且情況嚴重，賬戶被凍結，則不能開具發票。在這種情況下不要驚慌。妳可以拿著相關文件去稅務局咨詢，收集好材料。他們會有專門的工作人員代為辦理，可以開具具有同等效力的有效發票。
補充:根據我國第三十七條規定，違反《辦法》第二十二條第二款規定虛開發票的，稅務機關將沒收違法所得；虛假發行金額不足1萬元的，可以並處5萬元以下的罰款；虛假發行金額超過654.38+0萬元的，處5萬元以上50萬元以下罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。