招標代理費用的稅率根據招標代理公司的納稅人身份而定。招標代理公司是壹般納稅人，那麽收取的招標代理費用將按照6%的稅率計算並繳納；小規模納稅人，則征收率為3%，但現在適用優惠征收率1%。具體涉及到被代理的招標活動收入應使用100100106稅務編碼進行申報和繳款。