在中國當時的政府系統中，1861年起海關由新設的總理各國通商事務衙門(1902年改為外務部)統轄；1906年改隸專設的稅務處；1928年後改由財政部關務署統轄。 海關的最高機關是總稅務司署，設總稅務司、副總稅務司，下設六個辦事文案。1896年上諭總稅務司兼辦郵政,赫德遂兼總郵政司,並設郵政局總辦、副總辦。又同文館的教習也在總稅務司署編制。1901年同文館合並於京師大學堂，1911年郵政為郵傳部接管，二者脫離海關。中華民國建立後,總稅務司署組織改為五科三處,旋又改為九科二處。總稅務司署直轄全國各稅務司署，亦即各口海關。