廣州經濟技術開發區國家稅務局在2005年6月被國家稅務總局在核定和規範全國基層稅務機構設置中核批為廣州市副局級單位。廣州經濟技術開發區國家稅務局（廣州保稅區國家稅務局）與廣州市蘿崗區國家稅務局實行三塊牌子、壹套人馬，合署辦公。