根據央廣網站查詢可知，稅務稽查部門會依法追繳建築工程有限公司騙取的留抵退稅款。目前該案已移送公安機關立案偵查，將依法從嚴處罰並追究兩公司相關人員刑事責任。因此，留抵退稅不交回會經稅務稽查部門追繳，案件會轉交公安機關立案。